Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,850,025 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,850,025 | 0 | A | T | 100.0% | 405.6 / NA | 170 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,850,026 | 0 | G | C | 99.4% | 397.7 / NA | 170 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (76/93); total (76/94) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,850,027 | 0 | C | G | 99.4% | 399.4 / NA | 170 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (75/94); minor base T (1/0); total (76/94) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
TCCGCTAACTTTGATAGCCTGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACAGTTTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAGTGAAAAAAATATTCTCTGGAAACATGTGTTCCGCAACGCCATGCTGCTGGTGATTGCCGGTTTTCCGGCGACGTTTATCAGCATGTTTTTTACCGGCAGCCTGCTGATTGAGGTGATGTTTAGTCTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCAGCCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACCTTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGAGCCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGAGCTTATGGATTTT > CP042583/1849746‑1850298 ||| tCCGCTAACTTTGATTCGCTGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAGTGAAAAAAATATTCTCTGGAAACATGTGTTCCGCAACGCCATGCTGCTGGTGATTGCCGGTTTTCCGGCGACGTTTATCAGCATGTTTTTTACCGGCTCGCTGCTGa < 1:609324/289‑1 (MQ=255) gCTAACTTTGATTCGCTGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAGTGAAAAAAATATTCTCTGGAAACATGTGTTCCGCAACGCCATGCTGCTGGTGATTGCCGGTTTTCCGGCGACGTTTATCAGCATGTTTTTTACCGGCTCGCTGCTGATTg < 1:1623003/289‑1 (MQ=255) cgcTGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAGTGAAAAAAATATTCTCTGGAAACATGTGTTCCGCAACGCCATGCTGCTGGTGATTGCCGGTTTTCCGGCGACGTTTATCAGCATGTTTTTTACCGGCTCGCTGCTGATTGAGGTGATGttttc < 1:767281/287‑3 (MQ=255) cccgtccttGGTATCGGAAGATCCACGATTAGCGGTGGCATGTCCCGAGGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAGTACGTGGTGACCGGGCGTGCGAAAGGGGTAAGTGAAAAAAATATTCTCTGGAAACATGTGTTCCGCAACGCCATGCTGCTGGTGATTGCCGGTTTTCCGGCGACGTTTATCAGCATGTTTTTTACCGGCTCGCTGCTGATTGAGGTGATGttttc < 2:1724879/281‑3 (MQ=255) tGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAGTGAAAAAAATATTCTCTGGAAACATGTGTTCCGCAACGCCATGCTGCTGGTGATTGCCGGTTTTCCGGCGACGTTTATCAGCATGTTTTTTACCGGCTCGCTGCTGATTGAGGTGATGttttcac > 2:835643/1‑284 (MQ=255) tGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAGTGAAAAAAATATTCTCTGGAAACATGTGTTCCGCAACGCCATGCTGCTGGTGATTGCCGGTTTTCCGGCGACGTTTATCAGCATGTTTTTTACCGGCTCGCTGCTGATTGAGGTGATGttttcac > 2:1148499/1‑284 (MQ=255) cGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAGTGAAAAAAATATTCTCTGGAAACATGTGTTCCGCAACGCCATGCTGCTGGTGATTGCCGGTTTTCCGGCGACGTTTATCAGCATGTTTTTTACCGGCTCGCTGCTGATTGAGGTGATGttttcactca < 1:109258/288‑8 (MQ=255) 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agtCAAAAATTCACCGTGTATCTGGTGGATATCCCGGTGCGGGTGCTGGCGACAGTTCGTGGGGGCTTTGCGGCGCTGACAATGCTGACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAGTGAAAAAAATATTCTCTGGAAACATGTGTTCCGCAACGCCATGCTGCTGGTGATTGCCGGTTTTCCGGCGACGTTTATCAGCATGTTTTTTACCGGCTCGCTGCTGATTGAGGTGATGTTTTCACTCAATGGt < 2:1214770/286‑1 (MQ=255) cAGAAAATATCCGATTATCTGTGGCATATCCCGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTACGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAGTGAAAAAAATATTCTCTGGAAACATGTGTTCCGCAACGCCATGCTGCTGGTGATTGCCGGTTTTCCGGCGACGTTTATCAGCATGTTTTTTACCGGCTCGCTGCTGATTGAGGTGATGTTTTCACTCAATGGTCTgg < 2:205453/289‑1 (MQ=255) aaaaTCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAGTGAAAAAAATATTCTCTGGAAACATGTGTTCCGCAACGCCATGCTGCTGGTGATTGCCGGTTTTCCGGCGACGTTTATCAGCATGTTTTTTACCGGCTCGCTGCTGATTGAGGTGATGTTTTCACTCAATGGTCTGGGCt > 2:1025154/1‑289 (MQ=255) aTCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAGTGAAAAAAATATTCTCTGGAAACATGTGTTCCGCAACGCCATGCTGCTGGTGATTGCCGGTTTTCCGGCGACGTTTATCAGCATGTTTTTTACCGGCTCGCTGCTGATTGAGGTGATGTTTTCACTCAATGGTCTGGGCtt > 2:1872830/1‑287 (MQ=255) cGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAGTGAAAAAAATATTCTCTGGAAACATGTGTTCCGCAACGCCATGCTGCTGGTGATTGCCGGTTTTCCGGCGACGTTTATCAGCATGTTTTTTACCGGCTCGCTGCTGATTGAGGTGATGTTTTCACTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGc < 1:103498/289‑1 (MQ=255) tGCCGGTTCTGGCGACAGTAGTTGGTGGATTGGCGGCGCTGACCAGGCTCACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGTTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAGTGAAAAAAATATTCTCTGGAAACATGTGTTCCGCAACGCCATGCTGCTGGTGATTGCCGGTTTTCCGGCGACGTTTATCAGCATGTTTTTTACCGGCTCGCTGCTGATTGAGGTGATGTTTTCACTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTctcgcgcga < 1:310582/289‑9 (MQ=255) 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aaaaactcattCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAGTGAAAAAAATATTCTCTGGAAACATGTGTTCCGCAACGCCATGCTGCTGGTGATTGCCGGTTTTCCGGCGACGTTTATCAGCATGTTTTTTACCGGCTCGCTGCTGATTGAGGTGATGTTTTCACTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACCTTGTATATTTTCACCCTGATTGGCctgctgc < 1:938098/280‑1 (MQ=255) aaaaactcattCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAGTGAAAAAAATATTCTCTGGAAACATGTGTTCCGCAACGCCATGCTGCTGGTGATTGCCGGTTTTCCGGCGACGTTTATCAGCATGTTTTTTACCGGCTCGCTGCTGATTGAGGTGATGTTTTCACTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACCTTGTATATTTTCACCCTGATTGGCctgctgc < 1:380600/280‑1 (MQ=255) aaaaactcattCCTGGGTGAAGTGGCCAAGCAATACGTGGTGACCGCGGGTGCGAAAGGGGTAAGTGAAAAAAATATTCTCTGGAAACATGTGTTCCGCAACGCCATGCTGCTGGTGATTGCCGGTTTTCCGGCGACGTTTATCAGCATGTTTTTTACCGGCTCGCTGCTGATTGAGGTGATGTTTTCACTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACCTTGTATATTTTCACCCTGATTGGCctgctgc < 2:1408629/280‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |