Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,850,285 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,850,285 | 0 | A | T | 99.2% | 562.6 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (131/107); minor base C (2/0); total (134/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.04e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,850,286 | 0 | G | C | 99.6% | 559.8 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (133/107); minor base T (1/0); total (134/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,850,287 | 0 | C | G | 99.2% | 552.4 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (133/106); minor base T (1/1); total (134/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
TGTTTTTTACCGGCAGCCTGCTGATTGAGGTGATGTTTAGTCTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCAGCCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACCTTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGAGCCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGAGCTTATGGATTTTCCTCGTCTTGTTTGGTTTGAGTTTGTGTTCTGAACTTATCGCCAACGATAAACCGTTGCTGGTGCGTTATGACGGCAGTTGGTATTTCCCGTTATTGAAAAACTACAGCGAAAGCGATTTTGGCGGCCCGCTGGCAAGTCAGGCTGATTATCAGGACCCGTGGCTGAAACAACGGCTGGAAAATAACGGCTGGGTACTGTGGGCACCGATTCGCTTTGGTGCTACCA‑GTATCAACTTTGCTACCAATAAGCCCTTCCCTTCTCC > CP042583/1850011‑1850562 ||| tGTTTTTTACCGGCTCGCTGCTGATTGAGGTGATGTTTTCACTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACCTTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGTCGTTATGGAtttt > 2:1207587/1‑288 (MQ=255) gctcgctgctgATTGAGGTGATGTTTTCACTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACCTTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGTCGTTAATGTCGCCACTCATCCGCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTCTTCGTCATAACCGTCGCTGTCACCGGCTGTTCTGGATTTGCCTTGTCTTgttt > 2:40832/6‑289 (MQ=255) ttGAGGTGATGTTTTCACTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACCTTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGTCGTTATGGATTTTCCTCGTCTTGTTTGGTTTGAGttt < 1:52222/288‑1 (MQ=255) ggTGATGTTTTCACTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACCTTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGTCGTTATGGATTTTcc > 1:863178/1‑262 (MQ=255) 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aTAACCGTCGCGGCTACTGGTCGTTATGGATTTTCCTCGTCTTGTTTGGTTTGAGTTTGTGTTCTGAACTTATCGCCAACGATAAACCGTTGCTGGTGCGTTATGACGGCAGTTGGTATTTCCCGTTATTGAAAAACTACAGCGAAAGCGATTTTGGCGGCCCGCTGGCAAGTCAGGCTGATTATCAGGACCCGTGGCTGAAACAACGGCTGGAAAATAACGGCTGGGTACTGTGGGCACCGATTCGCTTTGGTGCTACCA‑GTATCAACTTTGCTACCAATAAGccctt < 2:1237844/289‑1 (MQ=255) aaCCGTCGCGGCTACTGGTCGTTATGGATTTTCCTCGTCTTGTTTGGTTTGAGTTTGTGTTCTGAACTTATCGCCAACGATAAACCGTTGCTGGTGCGTTATGACGGCAGTTGGTATTTCCCGTTATTGAAAAACTACAGCGAAAGCGATTTTGGCGGCCCGCTGGCAAGTCAGGCTGATTATCAGGACCCGTGGCTGAAACAACGGCTGGAAAATAACGGCTGGGTACTGTGGGCACCGATTCGCTTTGGTGCTACCA‑GTATCAACTTTGCTACCAATAAGcccttcc < 2:1439750/289‑1 (MQ=255) cgcgGCTACTGGTCGTTATGGATTTTCCTCGTCTTGTTTGGTTTGAGTTTGTGTTCTGAACTTATCGCCAACGATAAACCGTTGCTGGTGCGTTATGACGGCAGTTGGTATTTCCCGTTATTGAAAAACTACAGCGAAAGCGATTTTGGCGGCCCGCTGGCAAGTCAGGCTGATTATCAGGACCCGTGGCTGAAACAACGGCTGGAAAATAACGGCGGGGTACTGTGGGTACCGATTCGCTTTGGTTCTACCA‑GTATCAACTTTGCTACCAATAAGCCCTTCCCTtct > 1:1422066/1‑288 (MQ=255) ||| TGTTTTTTACCGGCAGCCTGCTGATTGAGGTGATGTTTAGTCTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCAGCCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACCTTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGAGCCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGAGCTTATGGATTTTCCTCGTCTTGTTTGGTTTGAGTTTGTGTTCTGAACTTATCGCCAACGATAAACCGTTGCTGGTGCGTTATGACGGCAGTTGGTATTTCCCGTTATTGAAAAACTACAGCGAAAGCGATTTTGGCGGCCCGCTGGCAAGTCAGGCTGATTATCAGGACCCGTGGCTGAAACAACGGCTGGAAAATAACGGCTGGGTACTGTGGGCACCGATTCGCTTTGGTGCTACCA‑GTATCAACTTTGCTACCAATAAGCCCTTCCCTTCTCC > CP042583/1850011‑1850562 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |