Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,852,059 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,852,059 | 0 | A | T | 99.5% | 484.2 / NA | 209 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,852,060 | 0 | G | C | 99.5% | 492.1 / NA | 209 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (108/100); minor base A (1/0); total (109/100) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,852,061 | 0 | T | A | 99.5% | 487.9 / NA | 209 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (108/99); total (109/100) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
ATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTATTACTCATAACCTCAGCATTGTCAGAAAACTGGCCCACCGCGTGGCGGTAATGCAAAACGGTCGCTGTGTCGAGCAAAATTACGCCGCTACGCTATTTGCAAGTCCCACTCATCCTTACACACAAAAGCTACTCAACAGTGAACCGAGTGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCAGTACGTTGCTGGATGTTGAACAGCTTCAGGTTGCCTTCCCCATTCGCAAAGGGATTTTGAAGCGCATTGTGGATCATAATGTGGTGGTGAAAAACATCAGTTTTACGCTACGAGCGGGTGAAACACTGGGTTTAGTGGGCGAGTCCGGTTCCGGGAAAAGTACGACGGGACTGGCGCTGCTGCGACTGATTAATTCTCAGGGCAGCATCATCTTTGACGGTCAGCCACTGCAAAATTTAAATCGCCGCCAGCTGTTACCTATTCGTCATCGCATTCAGGTG > CP042583/1851784‑1852340 ||| aTGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTATTACTCATAACCTCAGCATTGTCAGAAAACTGGCCCACCGCGTGGCGGTAATGCAAAACGGTCGCTGTGTCGAGCAAAATTACGCCGCTACGCTATTTGCATCACCCACTCATCCTTACACACAAAAGCTACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCTGGa > 1:1195341/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |