| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,859,943 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,859,943 | 0 | A | T | 99.6% | 543.4 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,859,944 | 0 | G | C | 99.6% | 544.3 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (114/118); total (115/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,859,945 | 0 | C | G | 99.1% | 537.8 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (112/117); minor base T (1/1); total (115/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
ATCCCATCGTCTGGCAACTGGTTATCAACCCAGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCAGCCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCACCATGCAGCGCGCTAACCTG‑CCGCTTAGCTACCCGATGACGGCGCGACGTTTTCTTGAGAAGCATGGTCTGCTTGATGCGCAGGAGTATCAACGCCGTCTTATTGAGCAAGGTAATCCAGACGCCGTTTCCGTTCAGTATCCGTTAAGCGAACTGCGCTATCGCGATATGGGCACCGGGCAGAATGTGCTGTTGATTACTGTCGATGGCCTGAACTACAGTCGCTTCGAGAAGCAGATGCCTGCGCTGGCAGGTTTTGCTGAGCAAAATATTAGCTTCACGCGCCATATGAGCTCCGGCAACACTACA > CP042583/1859665‑1860224 ||| cccATCGTCTGGCAACTGGTTATCAACCCAGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCACCATGCAGCGCGCTAACCTG‑CCGCTTTCGTACCCGATg > 1:825326/1‑288 (MQ=255) aTCGTCTGGCAACTGGTTATCAACCCAGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCACCATGCAGCGCGCTAACCTG‑CCGCTTTCGTACCCGATGACg > 2:641959/1‑288 (MQ=255) tCGTCTGGCAACTGGTTATCAACCCAGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCTGCTGCCAACTTCTATCGCCCGATCACCATGCAGCGCGCTAACCTGTCCACTTCGC‑ACCCGGTGAccg > 2:423814/1‑286 (MQ=255) ttATCAACCCAGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCACCATGCAGCGCGCTAACCTG‑CCGCTTTCGTACCCGATGACGGCGCGACGTTTTCTTga < 1:1041345/289‑1 (MQ=255) aaCCCAGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCACCATGCAGCGCGCTAACCTG‑CCGCTTTCGTACCCGATGACGGCGCGACGTTTTCTTGAGAAGc < 2:1617420/289‑1 (MQ=255) aaCCCAGACGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCACCATGCAGCGCGCTAACCTG‑CCGCTTTCGTACCCGATGACGGCGCGACGTTTTCTTGAGAAGc < 1:1616705/289‑1 (MQ=255) aGACGAAAAGGAGAGGGAGCGCGACTGCCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTCTTGCTGGAACTGGTGTTGGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCACCATGCAGCGCGCTAACCTG‑CCGCTTTCGTACCCGATGACGGCGCGACGTTTTCTTGAGAAGCATGGt < 2:550731/289‑1 (MQ=255) cGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCACCATGCAGCGCGCTAACCTG‑CCGCTTTCGTACCCGATGACGGCGCGACGTTTTCTTGAGAAGCATGGt < 1:1527033/286‑1 (MQ=255) cGAAAATGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCACCATGCAGCGCGCTAACCTG‑CCGCTTTCGTACCCGATGACGGCGCGACGTTTGAGGGAGAAGAATGGta < 1:240847/287‑2 (MQ=255) aaTGAGATGGCGCGCGACTTGCACCTGATGTTCATCCGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGACAAAAGCTGCGCAGCCTGAAGCGCCGTCGACGCTTCGCCCGCCCGCTGGCCGCATTCATATTTATCGCCTTTATCGACACTCACGTTGTGTATCTATGGACCGATGCCAACTTCTAACGCCCGATCACCATTCGGAGTGCCAACCTG‑CCGATTACGTGCCCGATGACGCCTCGTCCTCTTCTTGCGaacaatgttcctctgc > 2:1720311/1‑275 (MQ=255) aaTGAGATGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCACCATGCAGCGCGCTAACCTG‑CCGCTTTCGTACCCGATGACGGCGCGACGTTTTCTTGAGAAGCATGGTCTGCTTg < 1:1288161/289‑1 (MQ=255) aaTGAGATGGAGCGCGACGGGCAGCTGATGTTCATCAGGTTGCCGGTTATTTTATTGCGTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAGGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTAGCGCCCGATCACCATGCAGCGCGCTAACCTG‑CCGCTTTCGTACCCGATGACGGCGCGACGTTTTCTTGAGAAGCATGGTCTGCTTg < 2:1823619/289‑1 (MQ=255) ggtgggcggcggACGGGCAGTTGTTGTTCTTCGGCTTGCCGGTTATTTGTTTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCACCATGCAGCGCGCTAACCTG‑CCGCTTTCGTACCCGATGACGGCGCGACGTTTTCTTGAGAAGCATGGTCTGCTTGATg < 2:1523812/277‑1 (MQ=255) gaTGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGCCGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCGGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCACCATGCAGCGCGCTAACCTG‑CCGCTTTCGTACCCGATGACGGCGCGACGTTTTCTTGAGAAGCATGGTCTGCTTGATgc < 1:310729/288‑1 (MQ=255) gaTGGCGCGCGACTGGCAGCTGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCACCATGCAGCGCGCTAACCTG‑CCGCTTTCGTACCCGATGACGGcgcg > 1:1072289/1‑255 (MQ=255) tGATGTTCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCACCATGCAGCGCGCTAACCTG‑CCGCTTTCGTACCCGATGACGGCGCGACGTTTTCTTGAGAAGCATGGTCTGCTTGATGCGCAGGAGTATCAACGCCg < 1:1433819/286‑1 (MQ=255) 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ttCATCAGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCACCATGCAGCGCGCTAACCTG‑CCGCTTTCGTACCCGATGACGGCGCGACGTTTTCTTga > 2:1556262/1‑242 (MQ=255) catcaGCGTGCCGGTTATTTTATTGCTTGAACTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCACCATGCAGCGCGCTAACCTG‑CCGCTTTCGTACCCGATGACGGCGCGACGTTTTCTTGAGAAGCATGGTCTGCTTGATGCGCAGGAGTATCAACGCCGTCTTATTGAg < 1:991712/289‑1 (MQ=255) gTGCCGGTTATTTTATTGCTTGACCTGGTGTTTGCGACGTGGAGCTGGCAAAAGCTGCGCAGCCTGACGCGTCGTCGACGCTTCGCGCGCCCGCTGGCCGCATTCTTATTTATCGCCTTTATCGCCTCGCATGTGGTGTATATCTGGGCCGATGCCAACTTCTATCGCCCGATCACCATGCAGCGCGCTAACCTG‑CCGCTTTCGTACCCGATGACGGCGCGACGTTTTCTTGAGAAGCATGGTCTGCTTGATGCGCAGGAGTATCAACGCCGTCTTATTGAGCAAg < 1:1581962/286‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |