Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,885,176 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,885,176 | 0 | A | T | 100.0% | 570.7 / NA | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,885,177 | 0 | G | C | 99.2% | 552.5 / ‑2.3 | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (117/118); minor base T (1/1); total (119/119) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.10e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,885,178 | 0 | C | G | 99.2% | 556.6 / NA | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (119/117); minor base T (0/2); total (119/119) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
ATTGTCGACATTACCCATGCTATCCAAAAGCGCGTCGATAACTGGCGTTACGTGACCTGGCAGATCTACGACAACATTGCCGCGACGACCTCCCCCTCCTCCGGCGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACAGTACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGAGCATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCAGTACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAAAGCACCGTCAGCGACATTGTTGATAGTCGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCAACGCCCTCGATGAACGCGAAAGCTTTTCTAACATGCGCCGCCTGGCCTGGCAGAACGGTCATTACTTTACATTGCGTACTACCTTTAACCAGCCAGGACATCTGGCAACGGTCGTGGCTTTTGATCTGCCGATTAATGAT > CP042583/1884903‑1885457 ||| aTTGTCGACATTACCCATGCTATCCAAAAGCGCGTCGATAACTGGCGTTACGTGACCTGGCAGATCTACGACAACATTGCCGCGACGACCTCCCCCTCCTCCGGCGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGa > 2:507279/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |