| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,885,593 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,885,593 | 0 | A | T | 99.6% | 628.2 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (140/125); total (140/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,885,594 | 0 | G | C | 100.0% | 629.0 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (140/126); total (140/126) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,885,595 | 0 | C | G | 99.6% | 618.0 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (139/125); total (140/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
CAACGCCCTCGATGAACGCGAAAGCTTTTCTAACATGCGCCGCCTGGCCTGGCAGAACGGTCATTACTTTACATTGCGTACTACCTTTAACCAGCCAGGACATCTGGCAACGGTCGTGGCTTTTGATCTGCCGATTAATGATTTGATCCCACCGGGTATGCCGCTGGACAGTTTCCGCCTTGAGCCAGACGCGACGGCAACGGGAAACAATGATAATGAGAAAGAAGGGACGGATAGCGTCAGTATCCACTTTAACAGTACGAAGATTGAAATCTCCAGCGCACTCAACTCTACCGATATGCGCCTGGTCTGGCAGGTTCCTTATGGCACCTTATTGCTGGATACGTTGCAAAACATTCTGCTGCCACTGCTGCTGAACATCGGTTTGCTGGCGCTGGCGTTATTTGGCTATACCACATTCCGCCATTTCTCCAGCCGCAGTACAGAAAACGTC‑CCCAGCACGGCGGTCAATAACGAATTGCGCATTTTACGGGCAATCAATGAAGAGATAGTCAGTCTGCTGCCGCTCGGCCTGCTGGTTCACGATCAGGAAAGCAA > CP042583/1885316‑1885873 ||| cccTCGATGAACGCGAAAGCTTTTCTAACATGCGCCGCCTGGCCTGGCAGAACGGTCATTACTTTACATTGCGTACTACCTTTAACCAGCCAGGACATCTGGCAACGGTCGTGGCTTTTGATCTGCCGATTAATGATTTGATCCCACCGGGTATGCCGCTGGACAGTTTCCGCCTTGAGCCAGACGCGACGGCAACGGGAAACAATGATAATGAGAAAGAAGGGACGGATAGCGTCAGTATCCACTTTAACAGTACGAAGATTGAAATCTCCTCGGCACTCAACTCTAc < 1:92864/289‑1 (MQ=255) 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CAACGCCCTCGATGAACGCGAAAGCTTTTCTAACATGCGCCGCCTGGCCTGGCAGAACGGTCATTACTTTACATTGCGTACTACCTTTAACCAGCCAGGACATCTGGCAACGGTCGTGGCTTTTGATCTGCCGATTAATGATTTGATCCCACCGGGTATGCCGCTGGACAGTTTCCGCCTTGAGCCAGACGCGACGGCAACGGGAAACAATGATAATGAGAAAGAAGGGACGGATAGCGTCAGTATCCACTTTAACAGTACGAAGATTGAAATCTCCAGCGCACTCAACTCTACCGATATGCGCCTGGTCTGGCAGGTTCCTTATGGCACCTTATTGCTGGATACGTTGCAAAACATTCTGCTGCCACTGCTGCTGAACATCGGTTTGCTGGCGCTGGCGTTATTTGGCTATACCACATTCCGCCATTTCTCCAGCCGCAGTACAGAAAACGTC‑CCCAGCACGGCGGTCAATAACGAATTGCGCATTTTACGGGCAATCAATGAAGAGATAGTCAGTCTGCTGCCGCTCGGCCTGCTGGTTCACGATCAGGAAAGCAA > CP042583/1885316‑1885873 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |