Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,886,850 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,886,850 | 0 | A | T | 99.7% | 676.5 / ‑5.4 | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (138/147); minor base C (0/1); total (138/148) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,886,851 | 0 | G | C | 99.3% | 667.5 / NA | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (138/146); total (138/148) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,886,852 | 0 | C | G | 99.7% | 674.9 / ‑4.8 | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (138/147); minor base . (0/1); total (138/148) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
GGACACGGGAGAAGGCGTAAGTATTCATGAAATGGATAATTTGCACTTCCCGTTTATCAACCAGACCCAAAACGATCGCTATGGCAAGGCGGACCCGCTGGCATTCTGGCTGAGCGATCAACTGGCACGTAAACTGGGCGGTCATTTAAACATCAAAACGCGGGATGGGCTTGGTACACGCTACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTAGCGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGCCAGTTAGAAAATTGGGGTGCAACCTGTATCACACCCGATGAAAGATTAATTAGTCAAGATTATGATATCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCCTCTGGCTTGCTTTTAAGCGATGATGAGTCTGGCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTCAATATGAGCAACGCTATGCAGGAAGCGGTCTTACAATTAATTGAAGTGCAACTGGCGCAGGAAGAGGTGACAGAAA > CP042583/1886573‑1887129 ||| gACACGGGAGAAGGCGTAAGTATTCATGAAATGGATAATTTGCACTTCCCGTTTATCAACCAGACCCAAAACGATCGCTATGGCAAGGCGGACCCGCTGGCATTCTGGCTGAGCGATCAACTGGCACGTAAACTGGGCGGTCATTTAAACATCAAAACGCGGGATGGGCTTGGTACACGCTACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTc > 2:19968/1‑289 (MQ=255) 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aTTCATGAAATGGATAATTTGCACTTCCCGTTTATCAACCAGACCCAAAACGATCGCTATGGCAAGGCGGACCCGCTGGCATTCTGGCTGAGCGATCAACGGGCACGTAAACTGGGCGGTCATTTAAACATCAAAACGCGGGATGGGCTTGGTACACGCTACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGCCAGt < 2:1797438/289‑1 (MQ=255) aTGGATAATTTGCACTTCCCGTTTATCAACCAGACCCAAAACGATCGCTATGGCAAGGCGGACCCGCTGGCATTCTGGCTGAGCGATCCACTGGCACGTAAACTGGGCGGTCATTTAAACATCAAAACGCGGGCTGGGCTTGGTACATGCTACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTCGGACTATTGTCACTCGCCCGTTAGACAAtt > 2:558349/1‑289 (MQ=255) aTGGATAATTTGCACTTCCCGTTTATCAACCAGACCCAAAACGATCGCTATGGCAAGGCGGACCCGCTGGCATTCTGGCTGAGCGATCAACTGGCACGTAAACTGGGCGGTCATTTAAACATCAAAACGCGGGATGGGCTTGGTACACGCTACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGCCAGTTAGAAAAtt > 1:180281/1‑289 (MQ=255) 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aTTTGCACTTCCCGTTTATCAACCAGACCCAAAACGATCGCTATGGCAAGGCGGACCCGCTGGCATTCTGGCTGAGCGATCAACTGGCACGTAAACTGGGCGGTCATTTAAACATCAAAACGCGGGATGGGCTTGGTACACGCTACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGCCAGTTAGAAAATTGGGGTGc > 2:388451/1‑289 (MQ=255) aTTTGCACTTCCCGTTTATCAACCAGACCC‑AAACGATCGCTATGGCAAGGCGGACCCGCTGGCATTCTGGCTGAGCGATCAACTGGCACGTAAACTGGGCGGTCATTTAAACATCAAAACGCGGGATGGGCTTGGTACACGCTACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGCCAGTTAGAAAATTGGGGTGCa < 1:1233934/289‑1 (MQ=255) tttGCACTTCCCGTTTATCAACCAGACCCAAAACGATCGCTATGGCAAGGCGGACCCGCTGGCATTCTGGCTGAGCGATCAACTGGCACGTAAACTGGGCGGTCATTTAAACATCAAAACGCGGGATGGGCTTGGTACACGCTACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTTCGGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGCCAGTTAGAAAATTGGGGTGCa < 1:1394303/289‑1 (MQ=255) 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GGACACGGGAGAAGGCGTAAGTATTCATGAAATGGATAATTTGCACTTCCCGTTTATCAACCAGACCCAAAACGATCGCTATGGCAAGGCGGACCCGCTGGCATTCTGGCTGAGCGATCAACTGGCACGTAAACTGGGCGGTCATTTAAACATCAAAACGCGGGATGGGCTTGGTACACGCTACTCTGTGCATATCAAAATGCTCGCAGCTGACCCGGAAGTTGAAGAGGAAGAAGAGCGTTTACTGGATGATGTCTGCGTAATGGTGGATGTTACTAGCGCAGAAATTCGGAATATTGTCACTCGCCAGTTAGAAAATTGGGGTGCAACCTGTATCACACCCGATGAAAGATTAATTAGTCAAGATTATGATATCTTTTTAACGGATAATCCGTCTAATCTTACTGCCTCTGGCTTGCTTTTAAGCGATGATGAGTCTGGCGTACGGGAAATTGGGCCTGGTCAATTGTGCGTCAACTTCAATATGAGCAACGCTATGCAGGAAGCGGTCTTACAATTAATTGAAGTGCAACTGGCGCAGGAAGAGGTGACAGAAA > CP042583/1886573‑1887129 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |