Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,894,931 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,894,931 | 0 | A | T | 100.0% | 578.4 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,894,932 | 0 | G | C | 99.6% | 562.4 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (138/103); total (139/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,894,933 | 0 | T | A | 99.2% | 569.8 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (139/102); minor base C (0/2); total (139/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.82e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
CCCTTGCTATTGCCTGACTGTACCCACAACGGTGTATGCAAGAGGGATAAAAAATGAAAACAAAATTGATGACATTACAAGACGCCACCGGCTTCTTTCGTGACGGCATGACCATCATGGTGGGCGGATTTATGGGGATTGGCACTCCATCCCGCCTGGTTGAAGCATTACTGG‑AATCTGGTGTTCGCGACCTGACATTGATAGCCAATGATACCGCGTTTGTTGATACCGGCATCGGTCCGCTCATCGTCAATGGTCGAGTCCGCAAAGTGATTGCTAGTCATATCGGCACCAACCCGGAAACAGGTCGGCGCATGATATCTGGTGAGATGGACGTCGTTCTGGTGCCGCAAGGTACGCTAATCGAGCAAATTCGCTGTGGTGGAGCTGGACTTGGTGGTTTTCTCACCCCAACGGGTGTCGGCACCGTCGTAGAGGAAGGCAAACAGACACTGACACTCGACGGTAAAACCTGGCTGCTCGAACGCCCACTGCGCGCCGACCTGGCGCTAATTCGCGCTCATCGTTGCGACACACTTGGCAACCTGACCT > CP042583/1894653‑1895204 ||| cccTTGCTATTGCCTGACTGTACCCACAACGGTGTATGCAAGAGGGATAAAAAATGAAAACAAAATTGATGACATTACAAGACGCCACCGGCTTCTTTCGTGACGGCATGACCATCATGGTGGGCGGATTTATGGGGATTGGCACTACATCCCGCCTGGTTGCAGCATTACTGG‑AATCTGGTGTTCGCGACCTGACATTTATAGCCAATGATACCGCGTTTGTTGATACCGGCATCGGCCCGCTCATCGTCAATGTTCGCGTCCGCAAGCTGATTGTTTCACATATCg > 2:1756981/1‑288 (MQ=255) 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gTCGAGTCCGCAAAGTGATTGCTTCACATATCGGCACCAACCCGGAAACAGGTCGGCGCATGATATCTGGTGAGATGGACGTCGTTCTGGTGCCGCAAGGTACGCTAATCGAGCAAATTCGCTGTGGTGGAGCTGGACTTGGTGGTTTTCTCACCCCAACGGGTGTCGGCACCGTCGTAGAGGAAGGCAAACAGACACTGACACTCGACGGTAAAACCTGGCTGCTCGAACGCCCACTGCGCGCCGACCTGGCGCTAATTCGCGCTCATCGTTGCGACACACTTGGCa > 1:1853605/1‑288 (MQ=255) gAGTCCGCAAAGTGATTGCTTCACATATCGGCACCAACCCGGAAACAGGTCGGCGCATGATATCTGGTGAGATGGACGTCGTTCTGGTGCCGCAAGGTACGCTAATCGAGCAAATTCGCTGTGGTGGAGCTGGACTTGGTGGTTTTCTCACCCCAACGGGTGTCGGCACCGTCGTAGAGGAAGGCAAACAGACACTGACACTCGACGGTAAAACCTGGCTGCTCGAACGCCCACTGCGCGCCGACCTGGCGCTAATTCGCGCTCATCGTTGCGACACACTTGGCaa > 1:1260398/1‑286 (MQ=255) cGCAAAGTGATTGCTTCACATATCGGCACCAACCCGGAAACAGGTCGGCGCATGATATCTGGTGAGATGGACGTCGTTCTGGTGCCGCAAGGTACGCTAATCGAGCAAATTCGCTGTGGTGGAGCTGGACTTGGTGGTTTTCTCACCCCAACGGGTGTCGGCACCGTCGTAGAGGAAGGCAAACAGACACTGACACTCGACGGTAAAACCTGGCTGCTCGAACGCCCACTGCGCGCCGACCTGGCGCTAATTCGCGCTCATCGTTGCGACACACTTGGCAACCTGACCt > 1:8731/1‑289 (MQ=255) ||| CCCTTGCTATTGCCTGACTGTACCCACAACGGTGTATGCAAGAGGGATAAAAAATGAAAACAAAATTGATGACATTACAAGACGCCACCGGCTTCTTTCGTGACGGCATGACCATCATGGTGGGCGGATTTATGGGGATTGGCACTCCATCCCGCCTGGTTGAAGCATTACTGG‑AATCTGGTGTTCGCGACCTGACATTGATAGCCAATGATACCGCGTTTGTTGATACCGGCATCGGTCCGCTCATCGTCAATGGTCGAGTCCGCAAAGTGATTGCTAGTCATATCGGCACCAACCCGGAAACAGGTCGGCGCATGATATCTGGTGAGATGGACGTCGTTCTGGTGCCGCAAGGTACGCTAATCGAGCAAATTCGCTGTGGTGGAGCTGGACTTGGTGGTTTTCTCACCCCAACGGGTGTCGGCACCGTCGTAGAGGAAGGCAAACAGACACTGACACTCGACGGTAAAACCTGGCTGCTCGAACGCCCACTGCGCGCCGACCTGGCGCTAATTCGCGCTCATCGTTGCGACACACTTGGCAACCTGACCT > CP042583/1894653‑1895204 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |