| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,895,500 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,895,500 | 0 | A | T | 98.0% | 569.2 / ‑5.2 | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/2); new base T (130/116); total (134/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,895,501 | 0 | G | C | 98.0% | 581.9 / ‑0.2 | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (131/116); minor base T (3/2); total (134/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,895,502 | 0 | C | G | 98.4% | 575.1 / ‑4.8 | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/2); new base G (131/116); total (134/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
GCAACTTTAACCCCCTGATAGCCCTTGCGGCTGATATCACGCTGGTAGAGCCAGATGAACTGGTCGAAACCGGCGAGCTGCAACCTGACCATATTGTCACCCCTGGTGCCGTTATCGACCACATCATCGTTAGTCAGGAGAGCAAATAATGGATGCGAAACAACGTATTGCGCGCCGTGTGGCGCAAGAGCTTCGTGATGGTGACATCGTTAACTTAGGGATCGGTTTACCCACAATGGTCGCCAATTATTTACCGGAGGGTATTCATATCACTCTGCAAAGCGAAAACGGCTTCCTCGGTTTAGGCCCGGTCACGACAGCGCATCCAGATCTGGTGAACGCTGGCGGGCAACCGTGCGGTGTTTTACCCGGTGCAGCCATGTTTGATAGCGCCATGAGTTTTGCGCTAATCCGTGGCGGTCATATTGATGCCTGCGTGCTCGGCGGTTTGCAAGTAGACGAAGAAGCAAACCTCGCGAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGAGCCGCAAAGTGATCATCGCC > CP042583/1895220‑1895781 ||| aaCCCCCTGATAGCCCTTGCGGCTGATATCACGCTGGTAGAGCCAGATGAACTGGTCGAAACCGGCGAGCTGCAACCTGACCATATTGTCACCCCTGGTGCCGTTATCGACCACATCATCGTTTCACAGGAGAGCAAATAATGGATGCGAAACAACGTATTGCGCGCCGTGTGGCGCAAGAGCTTCGTGATGGTGACATCGTTAACTTAGGGATCGGTTTACCCACAATGGTCGCCAATTATTTACCGGAGGGTATTCATATCACTCTGCAATCGGAAAACGGCTTCCt < 2:128434/289‑1 (MQ=255) cTGATAGCCCTTGCGGCTGATATCACGCTGGTAGAGCCAGATGAACTGGTCGAAACCGGCGAGCTGCAACCTGACCATATTGTCACCCCTGGTGCCGTTATCGACCACATCATCGTTTCACAGGAGAGCAAATAATGGATGCGAAACAACGTATTGCGCGCCGTGTGGCGCAAGAGCTTCGTGATGGTGACATCGTTAACTTAGGGATCGGTTTACCCACAATGGTCGCCAATTATTTACCGGAGGGTATTCATATCACTCTGCAATCGGAAAACGGCTTCCTCGGttt > 2:591274/1‑289 (MQ=255) cTGATAGCCCTTGCGGCTGATATCACGCTGGTAGAGCCAGATGAACTGGTCGAAACCGGCGAGCTGCAACCTGACCATATTGTCACCCCTGGTGCCGTTATCGACCACATCATCGTTTCACAGGAGAGCAAATAATGGATGCGAAACAACGTATTGCGCGCCGTGTGGCGCAAGAGCTTCGTGATGGTGACATCGTTAACTTAGGGATCGGTTTACCCACAATGGTCGCCAATCACTTACCGGAGGGTATTCTTATCACTCCGCATTCGGAAAACGGCTTCCTCGGttt > 2:79144/1‑289 (MQ=255) tAGCCCTTGCGGCTGATATCACGCTGGTAGAGCCAGATGAACTGGTCGAAACCGGCGAGCTGCAACCTGACCATATTGTCACCCCTGGTGCCGTTATCGACCACATCATCGTTTCACAGGAGAGCAAATAATGGATGCGAAACAACGTATTGCGCGCCGTGTGGCGCAAGAGCTTCGTGATGGTGACATCGTTAACTTAGGGATCGGTTTACCCACAATGGTCGCCAATTATTTACCGGAGGGTATTCATATCACTCTGCAATCGGAAAACGGCTTCCTCGGTTTAGGc < 1:399983/289‑1 (MQ=255) gagaccgtGCGGCTGATATCACGCTGGTAGAGCCAGATGAACTGGGCGAAACCTGCGAGCTGCAACCTGACCATATTGTCACCCCTGGTGCCGTTATCGACCACATCGTCGTTTCACAGGAGAGCAAATAATGGATGCGAAACAACGTGTTGCGCGCCGTGTGGCGCAAGAGCTTCGTGATGGTGACATCGTTAACTGAGGGATCTGTTTACCCACAATGGTCGCCAATTATTTACCGGAGGGTATTCATATCACTCTGCAATCGGAAAACGGCTTCCTCGGTTTAGGc < 2:158675/282‑1 (MQ=255) ttGCGGCTGATATCACGCTGGTAGAGCCAGATGAACTGGTCGAAACCGGCGAGCTGCAACCTGACCATATTGTCACCCCTGGTGCCGTTATCGACCACATCATCGTTTCACAGGAGAGCAAATAATGGATGCGAAACAACGTATTGCGCGCCGTGTGGCGCAAGAGCTTCGTGATGGTGACATCGTTAACTTAGGGATCGGTTTACCCACAATGGTCGCCAATTATTTACCGGAGAGTATTCATATCACTCTGCAATCGGAAACCGGCTTCCCTGGTTTAGGCCCGGt > 2:485389/1‑288 (MQ=255) tGATATCACGCTGGTAGAGCCAGATGAACTGGTCGAAACCGGCGAGCTGCAACCTGACCATATTGTCACCCCTGGTGCCGTTATCGACCACATCATCGTTTCACAGGAGAGCAAATAATGGATGCGAAACAACGTATTGCGCGCCGTGTGGCGCAAGAGCTTCGTGATGGTGACATCGTTAACTTAGGGATCGGTTTACCCACAATGGTCGCCAATTATTTACCGGAGGGTATTCATATCACTCTGCAATCGGAAAACGGCTTCCTCGGTTTAGTCCCGGTCACGACa > 1:205245/1‑288 (MQ=255) cACGCTGGTAGAGCCAGATGAACTGGTCGAAACCGGCGAGCTGCAACCTGACCATATTGTCACCCCTGGTGCCGTTATCGACCACATCATCGTTTCACAGGAGAGCAAATAATGGATGCGAAACAACGTATTGCGCGCCGTGTGGCGCAAGAGCTTCGTGATGGTGACATCGTTAACTTAGGGATCGGTTTACCCACAATGGTCGCCAATTATTTACCGGAGGGTATTCATATCACTCTGCAATCGGAAAACGGCTTCCTCGGTTTAGGCCCGGTCACGACAGCGCATc < 2:1482758/289‑1 (MQ=255) tGGTAGAGCCAGATGAACTGGTCGAAACCGGCGAGCTGCAACCTGACCATATTGTCACCCCTGGTGCCGTTATCGACCACATCATCGTTTCACAGGAGAGCAAATAATGGATGCGAAACAACGTATTGCGCGCCGTGTGGCGCAAGAGCTTCGTGATGGTGACATCGTTAACTTAGGGATCGGTTTACCCACAATGGTCGCCAATTATTTACCGGAGGGTATTCATATCACTCTGCAATCGGAAAACGGCTTCCTCGGTTTAGGCCCGGTCACGACAGCGCATCCAGAt < 1:1490657/289‑1 (MQ=255) gTAGAGCCAGATGAACTGGTCGAAACCGGCGAGCTGCAACCTGACCATATTGTCACCCCTGGTGCCGTTATCGACCACATCATCGTTTCACAGGAGAGCAAATAATGGATGCGAAACAACGTATTGCGCGCCGTGTGGCGCAAGAGCTTCGTGATGGTGACATCGTTAACTTAGGGATCGGTTTACCCACAATGGTCGCCAATTATTTACCGGAGGGTATTCATATCACTCTGCAATCGGAAAACGGCTTCCt < 2:1918631/253‑1 (MQ=255) gTAGAGCCAGATGAACTGGTCGAAACCGGCGAGCTGCAACCTGACCATATTGTCACCCCTGGTGCCGTTATCGACCACATCATCGTTTCACAGGAGAGCAAATAATGGATGCGAAACAACGTATTGCGCGCCGTGTGGCGCAAGAGCTTCGTGATGGTGACATCGTTAACTTAGGGATCGGTTTACCCACAATGGTCGCCAATTATTTACCGGAGGGTATTCATATCACTCTGCAATCGGAAAACGGCTTCCTCGGTTTAGGCCCGGTCACGACAGCGCATCCAGa > 1:1135388/1‑286 (MQ=255) aTGAACTGGTCGAAACCGGCGAGCTGCAACCTGACCATATTGTCACCCCTGGTGCCGTTATCGACCACATCATCGTTTCACAGGAGAGCAAATAATGGATGCGAAACAACGTATTGCGCGCCGTGTGGCGCAAGAGCTTCGTGATGGTGACATCGTTAACTTAGGGATCGGTTTACCCACAATGGTCGCCAATTATTTACCGGAGGGTATTCATATCACTCTGCAATCGGAAAACGGCTTCCt > 2:305380/1‑243 (MQ=255) aTGAACTGGTCGAAACCGGCGAGCTGCAACCTGACCATATTGTCACCCCTGGTGCCGTTATCGACCACATCATCGTTTCACAGGAGAGCAAATAATGGATGCGAAACAACGTATTGCGCGCCGTGTGGCGCAAGAGCTTCGTGATGGTGACATCGTTAACTTAGGGATCGGTTTACCCACAATGGTCGCCAATTATTTACCGGAGGGTATTCATATCACTCTGCAATCGGAAAACGGCTTCCTCGGTTTAGGCCCGGTTACGACAGCGCATCCAGATCTGGTGAAc > 1:1891213/1‑286 (MQ=255) aTGAACTGGTCGAAACCGGCGAGCTGCAACCTGACCATATTGTCACCCCTGGTGCCGTTATCGACCACATCATCGTTTCACAGGAGAGCAAATAATGGATGCGAAACAACGTATTGCGCGCCGTGTGGCGCAAGAGCTTCGTGATGGTGACATCGTTAACTTAGGGATCGGTTTACCCACAATGGTCGCCAATTATTTACCGGAGGGTATTCATATCACTCTGCAATCGGAAAACGGCTTCCTCGGTTTAGGCCCGGTCACGACAGCGCATCCAGATCTGGTGAAc > 1:836946/1‑286 (MQ=255) aTGAACTGGTCGAAACCGGCGAGCTGCAACCTGACCATATTGTCACCCCTGGTGCCGTTATCGACCACATCATCGTTTCACAGGAGAGCAAATAATGGATGCGAAACAACGTATTGCGCGCCGTGTGGCGCAAGAGCTTCGTGATGGTGACATCGTTAACTTAGGGATCGGTTTACCCACAATGGTCGCCAATTATTTACCGGAGGGTATTCATATCACTCTGCAATCGGAAAACGGCTTCCTCGGTTTAGGCCCGGTCACGACAGCGCATCCAGATCTGGTGAAc > 1:1261841/1‑286 (MQ=255) cTGGTCGAAACCGGCGAGCTGCAACCTGACCATATTGTCACCCCTGGTGCCGTTATCGACCACATCATCGTTTCACAGGAGAGCAAATAATGGATGCGAAACAACGTATTGCGCGCCGTGTGGCGCAAGAGCTTCGTGATGGTGACATCGTTAACTTAGGGATCGGTTTACTCACAATGGTCGCCACTTATTTACCGGAGGGTATTCATATCACTATGCAATCGGAAAACGGCTTCCTCGGGTTAGGCCCGGTCACGACAGCGCACCCAGATCTGGTGAACGCTGGCgg > 2:219936/1‑289 (MQ=255) 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gACCATATTGTCACCCCTGGTGCCGTTATCGACCACATCATCGTTTCACAGGAGAGCAAATAATGGATGCGAAACAACGTATTGCGCGCCGTGTGGCGCAAGAGCTTCGTGATGGTGACATCGTTAACTTAGGGATCGGTTTACCCACAATGGTCGCCAATTATTTACCGGAGGGTATTCATATCACTCTGCAATCGGAAAACGGCTTCCTCGGTTTAGGCCCGGTCACGACAGCGCATCCAGATCTGGTGAACGCTGGCGGGCAACCGTGCGGTGTTTTACCCGGTGc > 1:1009088/1‑289 (MQ=255) aCCATATTGTCACCCCTGGTGCCGTTATCGACCACATCATCGTTTCACAGGAGAGCAAATAATGGATGCGAAACAACGTATTGCGCGCCGTGTGGCGCAAGAGCTTCGTGATGGTGACATCGTTAACTTAGGGATCGGTTTACCCACAATGGTCGCCAATTATTTACCGGAGGGTATTCATATCACTCTGCAATCGGAAAACGGCTTCCTCGGTTTAGGCCCGGTCACGACAGCGCATCCAGATCTGGTGAACGCTGGCGGGCAACCGTGCGGTGTTTTACCCGGTGCa > 1:1598336/1‑289 (MQ=255) ccATATTGTCACCCCTGGTGCCGTTATCGACCACATCATCGTTTCACAGGAGAGCAAATAATGGATGCGAAACAACGTATTGCGCGCCGTGTGGCGCAAGAGCTTCGTGATGGTGACATCGTTAACTTAGGGATCGGTTTACCCACAATGGTCGCCAATTATTTACCGGAGGGTATTCATATCACTCTGCAATCGGAAAACGGCTTCCTCGGTTTAGGCCCGGTCACGACAGCGCATCCAGATCTGGTGAACGCTGGCGGGCAACCGTGCGGTGTTTTACCCGGTGCAg < 1:820696/289‑1 (MQ=255) 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GCAACTTTAACCCCCTGATAGCCCTTGCGGCTGATATCACGCTGGTAGAGCCAGATGAACTGGTCGAAACCGGCGAGCTGCAACCTGACCATATTGTCACCCCTGGTGCCGTTATCGACCACATCATCGTTAGTCAGGAGAGCAAATAATGGATGCGAAACAACGTATTGCGCGCCGTGTGGCGCAAGAGCTTCGTGATGGTGACATCGTTAACTTAGGGATCGGTTTACCCACAATGGTCGCCAATTATTTACCGGAGGGTATTCATATCACTCTGCAAAGCGAAAACGGCTTCCTCGGTTTAGGCCCGGTCACGACAGCGCATCCAGATCTGGTGAACGCTGGCGGGCAACCGTGCGGTGTTTTACCCGGTGCAGCCATGTTTGATAGCGCCATGAGTTTTGCGCTAATCCGTGGCGGTCATATTGATGCCTGCGTGCTCGGCGGTTTGCAAGTAGACGAAGAAGCAAACCTCGCGAACTGGGTAGTGCCTGGGAAAATGGTGCCCGGTATGGGTGGCGCGATGGATCTGGTGACCGGGAGCCGCAAAGTGATCATCGCC > CP042583/1895220‑1895781 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |