Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,896,030 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,896,030 | 0 | A | T | 99.3% | 622.5 / NA | 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); new base T (127/140); total (132/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.29e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,896,031 | 0 | G | C | 99.6% | 626.5 / NA | 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (130/140); total (132/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,896,032 | 0 | C | G | 98.5% | 615.4 / NA | 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/0); new base G (128/141); total (132/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.34e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
ACCGGGAGCCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTAGTGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATAAGCCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTGGCTTCCCGATCCACTGATCTTTGCCATGTTGCTGACATTGCTAACATTCGTGATCGCGCTTTGGTTAACACCACAAACGCCGATCAGCATGGTGAAAATGTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCAT > CP042583/1895755‑1896310 ||| accgggtcgcGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAAAATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGa < 2:847561/279‑1 (MQ=255) cgggtcgcGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTAGTATTGGTCGCATTTCGCCTTTTATGAcgg > 2:507623/8‑288 (MQ=255) gcGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGGATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTg > 1:1797297/2‑289 (MQ=255) gCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCAAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGt < 2:1518352/288‑1 (MQ=255) atgtggccatgcccATGGAACATTTCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGc < 2:1009088/277‑1 (MQ=255) gATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCgg < 1:1091456/288‑1 (MQ=255) gATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCg < 1:1884702/287‑1 (MQ=255) gcatcGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTg < 2:218892/287‑1 (MQ=255) catcGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTg > 1:1645601/1‑287 (MQ=255) cATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTGGCTTCCCg > 1:318001/1‑289 (MQ=255) cATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATTCCACTCACTTCTCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGTCGGCAAAATGTGGCTCTCCGAAATTGCCTACGGGTGTTATTTAGCCACCGTGCGTGTCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACTCGTTTTGTCAGGCGGTGGCTTCCCGATCCACt < 1:465921/289‑1 (MQ=255) cATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTGGCTTCCCGATCCACt < 1:1731907/289‑1 (MQ=255) tGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTGGCTTCCCGATCCACt > 2:1360888/1‑286 (MQ=255) tGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACCCGTTTTGTCAGCCGGTGGCTTCCCGATCCatgta > 2:1450089/1‑284 (MQ=255) tGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGACCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCCTATCCTGTGTTATTACGTCTTTTTTCAGCCGGTTGCTTCCCGATCCCCTgtt > 2:1423546/1‑287 (MQ=255) tGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCCCGGTTTGAAGTCGCCGCCGCCTCGAATACGCAACGGGGTGATTTATGGTTGGTCGCTTCCAGAGCTTTATGCCGCGTTTTGTCGGCGGGTGTCTCCCCGTTCCACTGa > 2:1812269/1‑288 (MQ=255) cgcCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTGGCTTCCCGATCCACTGATCt > 2:1672510/1‑289 (MQ=255) aaGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTGGCTTCCCGATCCACTGATCTTTGcc < 1:1340918/289‑1 (MQ=255) aaGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTGGCTTCCCGATCCACTGATCTTTGcc < 1:1994807/289‑1 (MQ=255) aaGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTGGCTTCCCGATCCACTGATCTTTGcc < 1:1600586/289‑1 (MQ=255) ttcagCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTGGCTTCCCGATCCACTGATCTTTGCCATGtt > 1:1665776/5‑287 (MQ=255) aaaaaTTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTGGCTTCCCGATCCACTGATCTTTGCCATGTTGCTGAc < 2:1775632/287‑1 (MQ=255) cATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTGGCTTCCCGATCCACTGATCTTTGCCATGTTGCTGACATTg < 1:1838668/270‑1 (MQ=255) atgacgatcactGCGCAACATGCGGTGCATTTGCTGGGTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATTTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTGGCTTCCCGATCCACTGATCTTTGCCATGTTGCTGACATTGCTAACATTCGTGATCGCGCt < 2:747955/282‑1 (MQ=255) aTGCCACTCACTGGTCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTGCTGGACTGGCTGTCTTTCGTTGTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGGTTTAGCCACCGTGCGTGACAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACTGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTGGCTTCCCGATCCACTGATCTTTGCCATGTTGCTGACATTGCTAACATTCGTGATCGCGCt < 2:1248245/289‑1 (MQ=255) aTGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTGGCTTCCCGATCCACTGATCTTTGCCATGTTGCTGACATTGCTAACATTCGTGATCGCGCt < 1:1382241/289‑1 (MQ=255) tGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTGGCTTCCCGATCCACTGATCTTTGCCATGTTGCTGACATTGCTAACATTCGTGATCGCGCtt > 1:194211/1‑289 (MQ=255) ccACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTGGCTTCCCGATCCCCTGATCTTTGCCATGTTGCTGACATTGCTAACACTCGTGTTCGCGCttgt > 2:1101105/1‑287 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |