| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,897,635 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,897,635 | 0 | A | T | 99.2% | 588.5 / NA | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,897,636 | 0 | G | C | 99.6% | 580.7 / NA | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (113/138); total (113/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,897,637 | 0 | C | G | 100.0% | 589.0 / NA | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (113/139); total (113/139) | |||||||||||
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
AAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTAGTCTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATAGTCAACACGTTGATGAAGTGATTATGGGTAACGTGTTACAAGCCGGGCTGGGGCAAAATCCGGCGCGTCAGGCACTGTTAAAAAGCGGGCT‑GGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTAGCGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGCCTGATGTGCGCCACCCATGGTTATCATATGGGGATTACCGCCGAAAACGTGGCTAAAGAGTACGGAATTACCCGTGAAATGCAGGATGAACTGGCGCTACATAGT > CP042583/1897356‑1897916 ||| aaGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGTTGATGAAGTGATTATGGGTAACGTGTTACAAGCCGGGCTGGGGCAAAATCCGGCGCGTCAGGCACTGTTAAAAAGCGGGCT‑GGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTa > 1:1133350/1‑289 (MQ=255) taAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGTTGATGAAGTGATTATGGGTAACGTGTTACAAGCCGGGCTGGGGCAAAATCCGGCGCGTCAGGCACTGTTAAAAAGCGGGCT‑GGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTCGGTGGTTCGGGTCTTAAAAgtggg > 2:723503/1‑287 (MQ=255) aaaTGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGTTGATGAAGTGATTATGGGTAACGTGTTACAAGCCGGGCTGGGGCAAAATCCGGCGCGTCAGGCACTGTTAAAAAGCGGGCT‑GGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGgc < 1:404293/289‑1 (MQ=255) tGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGTTGATGAAGTGATTATGGGTAACGTGTTACAAGCCGGGCTGGGGCAAAATCCGGCGCGTCAGGCACTGTTAAAAAGCGGGCT‑GGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCt > 2:809100/1‑289 (MQ=255) aaaaTTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGCACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGTTGATGAAGTGATTATGGGTAACGTGTTACAAGCCGGGCTGGGGCAAAATCCGGCGCGTCAGGCACTGTTAAAAAGCGGGCT‑GGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTg < 1:1033940/288‑1 (MQ=255) gtCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGTTGATGAAGTGATTATGGGTAACGTGTTACAAGCCGGGCTGGGGCAAAATCCGGCGCGTCAGGCACTGTTAAAAAGCGGGCT‑GGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAgg < 1:752392/289‑1 (MQ=255) tGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGTTGATGAAGTGATTATGGGTAACGTGTTACAAGCCGGGCTGGGGCAAAATCCGGCGCGTCAGGCACTGTTAAAAAGCGGGCT‑GGCCGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTAAGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTCCCGccccagacaaccaggc > 2:1286937/1‑275 (MQ=255) 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tcTGTTATCGGTAGGTTTCACGGTTCACTCGCTCCCACCCGCGCCATCGACCTGGGGGCGACCGTAATTAAAGCAGCCATTGAACGTGCAAAAACAGATTCACAACACGTTGATGAATTGATTATGGGTAACGTGTTACAAGCCGGGCTGGGGCAAAATCCGGCGCGTCAGGCACTGTTAAAAAGCGGGCT‑GGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGgcg < 2:302787/287‑1 (MQ=255) acTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGTTGATGAAGTGATTATGGGTAACGTGTTACAAGCCGGGCTGGGGCAAAATCCGGCGCGTCAGGCACTGTTAAAAAGCGGGCT‑GGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGgcg < 1:1302304/288‑1 (MQ=255) gCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGTTGATGAAGTGATTATGGGTAACGTGTTACAAGCCGGGCTGGGGCAAAATCCGGCGCGTCAGGCACTGTTAAAAAGCGGGCT‑GGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCaga > 1:1749940/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |