| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 532,322 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 532,322 | 0 | A | T | 99.0% | 226.0 / NA | 98 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (56/41); minor base G (0/1); total (56/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 532,323 | 0 | G | C | 100.0% | 227.0 / NA | 98 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (56/42); total (56/42) | |||||||||||
| * | CP042583 | 532,324 | 0 | T | A | 100.0% | 224.6 / NA | 98 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (56/42); total (56/42) | |||||||||||
CTCCGTTACTGGAGGTGGAAGGGATGAAGGT‑CGGTCTGATGACCTGTTATGACTTAC‑GCTTTCCAGAGCTGGCGCTGGCACAGGCATTACAGGGAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGAGTACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGAGTGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGAACGTGTGCGTCAGGTGCGCGCGCAACTGCCCGTCTTAAACAACCGTCGCTTTGCGCCGCCGCAATTATTATGATGTTTTTTTACTCGGCGCTTGATTCACCTTGTTACAGATTGCTATTGTGTGCGCGCGTCGAATGACCGTTAATATTCTCTGGTTTTTAAGGCGCGTTCTGTTGCCGGTTATATGTCAAGAAGGTATCTATGGGTGAGATTAGTATTACCAAACTGCT > CP042583/532041‑532592 ||| cTCCGTTACTGGAGGTGGAAGGGATGAAGGT‑CGGTCTGATGACCTGTTATGACTTAC‑GCTTTCCAGAGCTGGCGCTGGCACAGGCATTACAGGGAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGTATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACACAACTACCGATAAAAGCCGGTATTTCTATCACCTTGGCGTATCCATTACGTCCGCGaaacaaag > 2:1947071/1‑282 (MQ=255) ccGTTACTGGGGGTGGAAGGGATGAAGGT‑CGGTCGGATGACCTGTTATGACTTAC‑GCTTTCCAGAGCTGGCGCTGGCACAGGAATTACAGGGAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTAAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGc < 2:1760930/289‑1 (MQ=255) ggggAGGGGATGGAGGTACGGTCTGATGGAGTGTTAGAGCTTAG‑GCTTTCAATGGCGGGGGCTGGCAGAGGCATGACAGGGAGGTGAAATCCGGGTACGTCCGGCGGCGTGTGTTCGCGGGCGGCTGAAGGAGCATGCAGGGTCAACGTGGCTTGCGGCTCGTGCGCTGGATACCAGCTGTTAGATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGGCAACGCCGGATTATAGTTCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCAt < 2:1594136/286‑1 (MQ=255) ggt‑cggtcTGATGACCTGTTATGACTTAC‑GCTTTCCAGAGCTGGCGCTGGCACAGGCATTACAGGGAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCa > 1:899457/1‑272 (MQ=255) ggt‑cggtcTGATGACCTGTTATGACTTAC‑GCTTTCCAGAGCTGGCGCTGGCACAGGCATTACAGGGAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCa < 2:899457/272‑1 (MQ=255) ggtcTGATGACCTGTTATGACTTAC‑GCTTTCCAGAGCTGGCGCTGGCACAGGCATTACAGGGAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTTCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCg > 1:1130777/1‑289 (MQ=255) ggtcTGATGACCTGTTATGACTTAC‑GCTTTCCAGAGCTGGCGCTGGCACAGGCATTACAGGGAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCg > 1:1452311/1‑289 (MQ=255) 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c‑GCTTTCCAGAGCTGGCGCTGGCACAGGCATTACAGGGAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGAACGTGTGCGTCAGGTgcgcgcgc > 1:1174657/1‑289 (MQ=255) c‑GCTTTCCAGAGCTGGCGCTGGCACAGGCATTACAGGGAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGAACGTGTGCGTCAGGTgcgcgcgc > 1:1996892/1‑289 (MQ=255) c‑GCTTTCCAGAGCTGGCGCTGGCACAGGCATTACAGGGAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGAACGTGTGCGTCAGGTgcgcgcgc > 1:110353/1‑289 (MQ=255) c‑GCTTTCCAGAGCTGGCGCTGGCACAGGCATTACAGGGAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGGGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGCAGTGACGCCCGAACGTGTGCGTCAGGt > 1:1629948/1‑281 (MQ=255) tCCAGAGCTGGCGCTGGCACAGGCATTACAGGGAGCTGAACTCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGTCCGCTCAACGAGCCTCACTGGTCAACGTTGCTTTCCCCTCGTGCCCTGGATACCACCTGTTATATTGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACCAAAATCTCGTTGAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTTGCCTCCCCATTTCGGCACCGTCAGCCATGCCTGCCCTCATTATGGTGGAAGTGCCGCCCCAACCGGTTCGTCGGGTtcgccgtcacct > 2:94688/1‑280 (MQ=255) tcacgctggggcttgcACCGGCATTTAAGGGAGCTGAAATCCTGGTTCGTCCTGCCGCCGTGGTTGCGGGGCCCCTCAAAGAGCATCACCTGTGAACGGTGGTTGCCGCTCGTGCGCTTGATACCACCTGGTATAAGGTGGGGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGAACGTGTGCGTCAGGTGCGCGCGCAACTGcc < 2:360093/285‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |