Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,900,898 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,900,898 | 0 | G | C | 99.6% | 540.1 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,900,899 | 0 | C | G | 99.6% | 539.8 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (107/122); minor base A (1/0); total (108/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,900,900 | 0 | T | A | 99.6% | 542.6 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (107/122); total (108/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
TGGCTTCAGCGTAGTCAGAGACGCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAG‑GCTGTCAGGTAATGCACTGACTTTGGTCACGCC‑ACTACTGC‑TCAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACTTTGCTGCGCAGGTGCATAGGAACGCACATAACGAGCAGGAGGCAGAACGAATTGCCCTTTTTGCGAGAAGCGCAGC > CP042583/1900619‑1901177 ||| tGGCTTCAGCGTAGTCAGAGACGCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAG‑CGAGTCAGGt < 1:1775272/289‑1 (MQ=255) 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tCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAG‑CGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑TGATGACG‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACTTtg > 2:1355070/1‑235 (MQ=255) cGTGGTGAG‑CGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑TGATGACG‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCa < 1:26572/167‑1 (MQ=255) cGTGGTGAG‑CGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑TGATGACG‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTCTTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACCCTTTGCTCCCCAGGCGCATCGGAACGCACATCACACTGAGGCGGCAGAAGGAATTGCCCTTTTTGCGAGAAgagccg > 2:518783/1‑286 (MQ=255) ||| TGGCTTCAGCGTAGTCAGAGACGCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAG‑GCTGTCAGGTAATGCACTGACTTTGGTCACGCC‑ACTACTGC‑TCAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACTTTGCTGCGCAGGTGCATAGGAACGCACATAACGAGCAGGAGGCAGAACGAATTGCCCTTTTTGCGAGAAGCGCAGC > CP042583/1900619‑1901177 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |