Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,900,913 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,900,913 | 0 | A | T | 99.6% | 545.7 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,900,914 | 0 | C | G | 99.1% | 544.2 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (111/119); minor base T (2/0); total (113/119) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.36e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,900,915 | 0 | T | A | 98.3% | 535.4 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (113/115); minor base G (0/4); total (113/119) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
GAGACGCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAG‑GCTGTCAGGTAATGCACTGACTTTGGTCACGCC‑‑ACTACTGC‑TCAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAA‑GTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACTTTGCTGCGCAGGTGCATAGGAACGCACATAACGAGCAGGAGGCAGAACGAATTGCCCTTTTTGCGAGAAGCGCAGCAAATGGCGGAAAG > CP042583/1900636‑1901190 ||| agaCGCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTAGCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACCAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGATG‑CAGGTAATGCCGAGACTTTGGTc > 2:763022/1‑289 (MQ=255) gaCGCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTGGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGTGGAC‑CGAGTCAGGTAATGCGTAGACTTTGGtt > 2:395463/1‑287 (MQ=255) cGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCATTATTGCACCCACACACCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAG‑CGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGcctgatgac < 2:1396603/289‑8 (MQ=255) cGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAG‑CGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGc < 1:521581/281‑1 (MQ=255) 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tatgccccccACAACTCGCCGCCAAACTGCAACCGCGGCGGCGCAAAATAGAGCCCCCGGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGCCAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAG‑CGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑‑TGATGACG‑ACAGCTGATACAGTTGATCGtgct < 2:1120646/284‑1 (MQ=255) cccccACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAG‑CGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑‑TGATGACG‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTgcgc > 1:341173/1‑288 (MQ=255) acacaTCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAG‑CGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑‑TGATGACG‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACcgc > 1:1688783/1‑288 (MQ=255) 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tGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAG‑CGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑‑TGATGACG‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCAcc < 1:323927/289‑1 (MQ=255) tGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAG‑CGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑‑TGATGACG‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCAcc < 1:134379/289‑1 (MQ=255) gcgcCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAG‑CGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑‑TGATGACG‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCgcagca < 1:1923644/286‑1 (MQ=255) atGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAG‑CGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑‑TGATGACG‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCAcgatcaactgt < 1:707186/289‑11 (MQ=255) cTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAG‑CGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑‑TGATGACG‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGtctc > 2:686251/1‑288 (MQ=255) gcggcgCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAG‑CGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑‑TGATGACG‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTctcct > 1:1120878/1‑288 (MQ=255) 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cGTGGTGAG‑CGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑‑TGATGACG‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAA‑GTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACTTTGCTGCGCAGGTGCATAGGAACGCACATAACGAGCAGGAGGCAGAACGAATTGCCCTTTTTGCGAGAAGCgcagc > 2:1022145/1‑289 (MQ=255) tggtgAG‑CGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑‑TGATGACG‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAA‑GTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACTTTGCTGCGCAGGTGCATAGGAACGCACATAACGAGCagg < 1:651545/250‑1 (MQ=255) tCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑‑TGATGACG‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAA‑GTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCTCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACTTTGCTGCGCAGGTGCATAGGAACGCACATAACGAGCAGGAGGCAGAACGAATTGCCCTTTTTGCGAGAAGCGCAGCAAATGGCGGAAAg > 2:232246/1‑289 (MQ=255) ||| GAGACGCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAG‑GCTGTCAGGTAATGCACTGACTTTGGTCACGCC‑‑ACTACTGC‑TCAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAA‑GTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACTTTGCTGCGCAGGTGCATAGGAACGCACATAACGAGCAGGAGGCAGAACGAATTGCCCTTTTTGCGAGAAGCGCAGCAAATGGCGGAAAG > CP042583/1900636‑1901190 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |