| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,911,243 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,911,243 | 0 | A | T | 100.0% | 645.9 / NA | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (132/140); total (132/140) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,911,244 | 0 | G | C | 99.3% | 638.2 / NA | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (132/137); minor base A (0/2); total (132/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,911,245 | 0 | T | A | 98.9% | 641.6 / NA | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (132/137); minor base G (0/3); total (132/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
ATATTGCCGAGCGTGCTGGCGGTTTATTTGGCAAAAAGGTGCTCGATGTCGGTTGTGGCGGCGGCATTCTGGCCGAGAGTATGGCGCGCGAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAA‑CCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGAGTGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCAGCACACTTAACCGCAACGGCAAGAGTTGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAGGCACGCATGATGTGAAGAAGTTTATTAAACCGGCAGAATTGCTGGGCTGGGTGGATCAGACCAGTTTAAAAGAGCGGCATATCACTGGGCTGCATTACAACCCGATCACTAATACTTTTAAACTCGGCCCCGGCGTGGATGTGAACT > CP042583/1910965‑1911522 ||| tgatTGCCGAGGGTGCTGGCGGTTTGTTTGGCAAAAAGGTGCTCGGTGGCGGTTGTGGCGGCGGCAATCTGGCCGAGAGTATGGCGCGCGAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAA‑CCGTGGAAGATCACGCGGAAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCTATCCGCAGTCAGTGGTCag < 2:1483546/287‑1 (MQ=255) ttGCCGAGCGGGCTGATGGTTTAGTTGGCAAAAGGGGGTGCGGTGTCGGTTGTGGCGGCGGCATTATGGCCGAGAGTATGGCGCGCGAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAA‑CCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGc < 2:1161688/289‑1 (MQ=255) ccGAGCGTGCTGGCGGTTTATTTGGCAAAAAGGTGCTCGATGTCGGTTGTGGCGGCGGCATTCTGGCCGAGAGTATGGCGCGCGAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAA‑CCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGGCagag > 2:673572/1‑285 (MQ=255) aGCGTGCTGGCGGTTTATTTGGCAAAAAGGTGCTCGATGTCGGTTGTGGCGGCGGCATTCTGGCCGAGAGTATGGCGCGCGAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAA‑CCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGccctgt > 1:849382/1‑284 (MQ=255) aGCGTGCTGGCGGTTTATTTGGCAAAAAGGTGCTCGATGTCGGTTGTGGCGGCGGCATTCTGGCCGAGAGTATGGCGCGCGAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAA‑CCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTgc > 1:1465654/1‑289 (MQ=255) cGTGCTGGCGGTTTATTTGGCAAAAAGGTGCTCGATGTCGGTTGTGGCGGCGGCATTCTGGCCGAGAGTATGGCGCGCGAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAA‑CCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTgcgc > 1:557053/1‑289 (MQ=255) tGCTGGCGGTTTATTTGGCAAAAAGGTGCTCGATGGCGGTTGTGGCGGCGGCATTCTGGCCGAGAGTATGGCGCGCGAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAA‑CCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCa < 1:443962/288‑1 (MQ=255) tGGCAAAAAGGTGCTCGATGTCGGTTGTGGCGGCGGCATTCTGGCCGAGAGTATGGCGCGCGAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAA‑CCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAggc > 1:1135061/1‑289 (MQ=255) aTGTCGGTTGTGGCGGCGGCATTCTGGCCGAGAGTATGGCGCGCGAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAA‑CCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTct < 2:589059/288‑2 (MQ=255) ggtgggTTGTGGCGGCGGCATTCTGGCCGAGAGTATGGCGCGGGAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAA‑CCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTctc < 2:453003/284‑3 (MQ=255) gTCGGTTGTGGCGGCGGCATTCTGGCCGAGAGTATGGCGCGCGAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAA‑CCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTctcg < 1:466383/288‑4 (MQ=255) tCGGTGGTGGCGGGGACAGTCGGGCCGAGAGTGTGGCGCGGGGAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGGTATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGAGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAA‑CCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGGGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTctcga < 2:1757216/288‑5 (MQ=255) gTTGTGGCGGCGGCATTCTGGCCGAGAGTATGGCGCGCGAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAA‑CCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCtttttatcgacact > 1:1040370/1‑280 (MQ=255) 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gcgAAGGGACGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAACACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAA‑CCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAATCCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCggtggt < 1:1744814/289‑1 (MQ=255) cgAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAA‑CCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCACGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCggtggt < 1:1553597/288‑1 (MQ=255) aGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAA‑CCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGtggttggc < 1:1459578/289‑2 (MQ=255) 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ATATTGCCGAGCGTGCTGGCGGTTTATTTGGCAAAAAGGTGCTCGATGTCGGTTGTGGCGGCGGCATTCTGGCCGAGAGTATGGCGCGCGAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAA‑CCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGAGTGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCAGCACACTTAACCGCAACGGCAAGAGTTGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAGGCACGCATGATGTGAAGAAGTTTATTAAACCGGCAGAATTGCTGGGCTGGGTGGATCAGACCAGTTTAAAAGAGCGGCATATCACTGGGCTGCATTACAACCCGATCACTAATACTTTTAAACTCGGCCCCGGCGTGGATGTGAACT > CP042583/1910965‑1911522 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |