| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,911,321 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,911,321 | 0 | A | T | 99.7% | 686.2 / NA | 292 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (140/151); minor base G (1/0); total (141/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,911,322 | 0 | G | C | 99.3% | 684.4 / NA | 292 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (139/151); minor base A (2/0); total (141/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,911,323 | 0 | T | A | 99.0% | 688.6 / NA | 292 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (138/151); minor base C (3/0); total (141/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
GTATGGCGCGCGAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGAGTGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCAGCACACTTAACCGCAACGGCAAGAGTTGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAGGCACGCATGATGTGAAGAAGTTTATTAAACCGGCAGAATTGCTGGGCTGGGTGGATCAGACCAGTTTAAAAGAGCGGCATATCACTGGGCTGCATTACAA‑CCCGATCACTAATACTTTTAAACTCGGCCCCGGCGTGGATGTGAACTATATGCTGCACACGCAGAATAAGTGAGGTTGATGTTTGGCCGCGCCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATC > CP042583/1911043‑1911600 ||| gTATGGCGCGCGAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGa < 1:1475250/288‑1 (MQ=255) tGGCGCGCGAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGCAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCGGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGCCTTTTTCTGGCCACTTAACCGCACCGGCCAGTACTGGCTGATGGc > 2:17204/1‑289 (MQ=255) cgcgAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTTGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCggtgg > 1:1656157/1‑289 (MQ=255) cgcgAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCggtgg > 1:811422/1‑289 (MQ=255) gcgAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCggtggt > 1:577856/1‑289 (MQ=255) gcgAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGGGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTC‑TTTTCTCGACCCTTAACCGCAACGGCACGTCCTGGCCGCtggtggtgggt > 2:520500/1‑287 (MQ=255) aGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGtggttggc < 1:1459578/289‑2 (MQ=255) cgcgACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGc < 2:325361/288‑1 (MQ=255) cTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCa < 2:577856/289‑1 (MQ=255) cTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCa < 1:1203437/289‑1 (MQ=255) 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ggCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACTGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGGCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGAAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGGGGCTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGGGcaca > 1:1816582/1‑289 (MQ=255) ggCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGtggttg < 2:1402797/259‑1 (MQ=255) gCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGAACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTTGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCa < 2:1656157/288‑1 (MQ=255) 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cATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAGGCACGCa < 1:1119141/289‑1 (MQ=255) cATTGCAGGTGGCAAAACGGCACGGACGGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAGGCACGc < 2:168989/288‑1 (MQ=255) cAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAGGCACGCa < 2:1210613/277‑1 (MQ=255) cAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAGGCACGCATGATGTgaagaa > 1:1562236/1‑289 (MQ=255) cacgcacTGGAAAGCGGCATTCCGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGCTGTCTTCTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGGCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTCCGGGATACATTTTGAGCATGGTGCCAACAGGCACGACCGCTGGCAAGAAGTtaatta > 2:1323438/1‑289 (MQ=255) cacgcacTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCggtggt < 1:1327036/227‑1 (MQ=255) acgcacTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAGGCACGCATGATGTGAAGAAGTTTATTaa < 2:374505/289‑1 (MQ=255) aaaGCGGAAGTCAGGTGGATTAATGGGAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTAGGAGGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAGGCACGCATGATGTGAAGAAGTTTATTAAACCGGCAg < 2:351479/288‑1 (MQ=255) ggCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAGGCACGCATGATGTgaagaa > 2:1811908/1‑266 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |