Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,912,228 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,912,230 | 0 | T | A | 99.1% | 517.8 / ‑6.6 | 221 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (117/102); minor base G (0/2); total (117/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.20e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
GAATATCATCACCCTGGCTTTGACTCACGCGCGCACGGTTAGCGGCGGTAAAATCATCCTGCTGCACGCCCTGATAAATCACCTGCGCCTGCGGTTCAATCACCACACCACGCCCCGGTAACCACTGATACCCCGCCTCCAGGCTGGCGATAATCCCGCTGCTGTGGTAATGATCTGTGCCATCTTCTTGTTCGGAAACATCATTGCTAAACCACGCGTATTGCAGCCAGCTATCCAGCCAGGCCCCTTGCTTCTGATTACCGTGCTGAAACCAGCTACTTGTCAGCCCAACGGCATAACCGTGGTTCTGGTTATCGGCGCGAGTTCCGGTCATATTGCTGCGGCTGTCGCCCTGGTTATCGCTGTAGCCACCAACAATCCCAAGCATCCACTCGCCATCCGTGCCCCAGCGCCCGCTAAACAGATCGCCGCTAAGTTGCACCGTAGAAGTGTCTTCATGTTGAGCCAGTTGCCCCGCTGCTGTGTAATGATAATCTCCGCCGATAACACGTAAATTCAGCGTCTGACCATCGCCACCTGCGTGATCGCGTCGCTCCA > CP042583/1911951‑1912508 ||| catcaCCCTGCGATTGTGACACGCGCGCACGGTTAGCGGCGGTAAAATCATCCTGCTGCACGCCCTGATAAATCACCTGCGCCTGCGGTTCAATCACCACACCACGCCCCGGTAACCACTGATACCCCGCCTCCAGCGAGGCGATAATCCCCGACGAGTGGTAATGATCTGTGCCATCTTCTTGTTCGGAAACATCATTGCTAAACCACGCGTATTGCAGCCAGCTATCCAGCCAGGCCCCTTGCTTCTGATTAACGTTCTTAAACCAGCTTGATGTCCACCCAACGGc > 1:655076/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |