| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 534,948 | 6 bp→TGACGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 534,948 | 0 | A | T | 100.0% | 192.2 / NA | 82 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (39/43); total (39/43) | |||||||||||
| * | CP042583 | 534,949 | 0 | C | G | 100.0% | 191.0 / NA | 82 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (39/43); total (39/43) | |||||||||||
| * | CP042583 | 534,950 | 0 | T | A | 98.8% | 190.9 / NA | 82 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (39/42); minor base C (0/1); total (39/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 534,951 | 0 | G | C | 100.0% | 188.1 / NA | 82 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (39/43); total (39/43) | |||||||||||
| * | CP042583 | 534,952 | 0 | C | G | 100.0% | 190.3 / NA | 82 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (39/43); total (39/43) | |||||||||||
| * | CP042583 | 534,953 | 0 | T | A | 100.0% | 191.7 / NA | 82 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (39/43); total (39/43) | |||||||||||
TGGACTCAAGGCCCTGACTGATATACTCATGTAGATGCATCGCAAATGCGGTAGGAGTGACACCCTGGCCTTTGCGAATAAACAATGGGTCAGGGAATATAACGCGCAGTTTCTGAATAGACTGACTGATTGCGCTGGGGGTCAGATTAAGCACTTTCGCTGCATTAACGATCCCTTTATGTACATATACAGCTTCAAAAATAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCACTGCTCTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCTCACCATAATCAACTATTTCAATAGGTTAATCAATGGGGTGAGTTACGGAGCAAGGCGTGGCACCGCATTTCTGCAAGTGATAAAGAAAATATACAAACGCGAAGGAGATGTAAAGCATTAGCAGATATTATGA > CP042583/534689‑535214 |||||| tGGACTACAGGCCCTGAATGATATACTCATGTAGATGCATCGCAAATGCGGTAGGAGTGCCACCCTGGCCTTTGCGAATAAACAATGGGTCAGGGAATATAACGCGCAGTTTCTGAATAGACTGACTGATTGCCGAGGGGGTCAGATTAAGCACTTTCGCTGCATTAACGATCCCTTTATGTACATATACAGCTTCAAAAATAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAAt < 2:1311278/289‑1 (MQ=255) cTCAAGGCCCTGACTGATATACTCATGTAGATGCATCGCAAATGCGGTAGGAGTGACACCCTGGCCTTTGCGCATAAACAATGGGTCAGGGAATATAACGCGCAGTTTCTGAATAGACTGACTGATTGCCGAGGGGGTCAGATTAAGCACTTTCGCTGCATTAACGATCCCTTTATGTACATATACAGCTTCAAAAATAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGa < 2:1207935/289‑1 (MQ=255) cTCAAGGCCCTGACTGATATACTCATGTAGATGCATCGCAAATGCGGTAGGAGTGACACCCTGGCCTTTGCGAATAAACAATGGGTCAGGGAATATAACGCGCAGTTTCTGAATAGACTGACTGATTGCCGAGGGGGTCAGATTAAGCACTTTCGCTGCATTAACGATCCCTTTATGTACATATACAGCTTCAAAAATAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGa < 1:1269995/289‑1 (MQ=255) cTCAAGGCCCTGACTGATATACTCATGTAGATGCATCGCAAATGCGGTAGGAGTGACACCCTGGCCTTTGCGAATAAACAATGGGTCAGGGAATATAACGCGCAGTTTCTGAATAGACTGACTGATTGCCGAGGGGGTCAGATTAAGCACTTTCGCTGCATTAACGATCCCTTTATGTACATATACAGCTTCAAAAATAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGa < 2:901042/289‑1 (MQ=255) 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tAGATGCATCGCAAATGCGGTAGGAGTGACACCCTGGCCTTTGCGAATAAACAATGGGTCAGGGAATATAACGCGCAGTTTCTGAATAGACTGACTGATTGCCGAGGGGGTCAGATTAAGCACTTTCGCTGCATTAACGATCCCTTTATGTACATATACAGCTTCAAAAATAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCa > 1:825566/1‑275 (MQ=255) aTCGCAAATGCGGTAGGAGTGACACCCTGGCCTTTGCGAATAAACAATGGGTCAGGGAATATAACGCGCAGTTTCTGAATAGACTGACTGATTGCCGAGGGGGTCAGATTAAGCACTTTCGCTGCATTAACGATCCCTTTATGTACATATACAGCTTCAAAAATAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAAt > 2:371192/1‑251 (MQ=255) aTCGCAAATGCGGTAGGAGTGACACCCTGGCCTTTGCGAATAAACAATGGGTCAGGGAATATAACGCGCAGTTTCTGAATAGACTGACTGATTGCCGAGGGGGTCAGATTAAGCACTTTCGCTGCATTAACGATCCCTTTATGTACATATACAGCTTCAAAAATAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAAt < 1:371192/251‑1 (MQ=255) 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aGGGAATATAACGCGCAGTTTCTGAATAGACTGACTGATTGCCGAGGGGGTCAGATTAAGCACTTTCGCTGCATTAACGATCCCTTTATGTACATATACAGCTTCAAAAATAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCa < 2:1573581/238‑1 (MQ=255) aGGGAATATAACGCGCAGTTTCTGAATAGACTGACTGATTGCCGAGGGGGTCAGATTAAGCACTTTCGCTGCATTAACGATCCCTTTATGTACATATACAGCTTCAAAAATAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCa > 1:1573581/1‑238 (MQ=255) ggAATATAACGCGCAGTTTCTGAATAGACTGACTGATTGCCGAGGGGGTCAGATTAAGCACTTTCGCTGCATTAACGATCCCTTTATGTACATATACAGCTTCAAAAATAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAAt > 1:389965/1‑196 (MQ=255) ggAATATAACGCGCAGTTTCTGAATAGACTGACTGATTGCCGAGGGGGTCAGATTAAGCACTTTCGCTGCATTAACGATCCCTTTATGTACATATACAGCTTCAAAAATAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAAt < 2:389965/196‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |