Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,937,439 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,937,439 | 0 | A | T | 100.0% | 504.8 / NA | 212 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,937,440 | 0 | G | C | 99.5% | 496.3 / NA | 212 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (107/104); minor base A (1/0); total (108/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,937,441 | 0 | T | A | 99.1% | 500.8 / ‑2.6 | 212 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (107/103); minor base G (1/1); total (108/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.36e-01 |
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
CAGGTATTCAATGGCGGAAGGAAAAGCAATGAGTGAATTTTTGCCTTTTAGCCGACCAGCAATGGGCGTGGAGGAACTCGCTGCAGTTAAAGAGGTTCTCGAATCCGGTTGGATCACAACCGGTCCGAAGAATCAGGCGCTTGAGCAAGCTTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTAGTGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTAGTACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGAGTGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCCGGTGCATTATGCCGGTGCGCCAGCAGATATTGACGCCATTCGCGCCATTGGCGAACGTTACGGCATCGCAGTTATCGAAGATGCTGCCCATGCCGTCGGTACGTATTACAAAGGGCGACATATTGGCGCAAAAGGTACCGCTATTTTT > CP042583/1937159‑1937714 ||| cAGGTATTCAATGGCGGAAGGAAAAGCAATGTCAGAATTTTTGCCTTTTTCGCGACCAGCAATGGGCGTGGAGGAACTCGCTGCAGTTAAAGAGGTTCTCGAATCCGGTTGGATCACAACCGGTCCGAAGAATCAGGCGCTTGAGCAAGCTTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTc < 2:1887607/289‑1 (MQ=255) tactCAATGGCGGAAGGAAAAGCAATGTCAGACTTTTTGCCTTTTTCGCGACCAGCCATGGGCGTGGAGGAACTCGCTTCAGTTAAAGAGGTTCTCGAATCCGGTTGGATCACAACCGGTCCGAAGAATCAGGCGCTTGAGCAAGCTTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCa < 1:470971/283‑1 (MQ=255) ttCAATGGCGGAAGGAAAAGCAATGTCAGAATTTTTGCCTTTTTCGCGACCAGCAATGGGCGTGGAGGAACTCGCTGCAGTTAAAGAGGTTCTCGAATCCGGTTGGATCACAACCGGTCCGAAGAATCAGGCGCTTGAGCAAGCTTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATg > 1:1357426/1‑289 (MQ=255) ttCAATGGCGGAAGGAAAAGCAATGTCAGAATTTTTGCCTTTTTCGCGACCAGCAATGGGCGTGGAGGAACTCGCTGCAGTTAAAGAGGTTCTCGAATCCGGTTGGATCACAACCGGTCCGAAGAATCAGGCGCTTGAGCAAGCTTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCAGCAGTCCATCGCGGTTAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTTGGAAGGGCGATGAAGTTACTACGACGTCCCTGACCTGGGGTTCAACCCTCAATATg > 2:246081/1‑289 (MQ=255) tGGCGGAAGGAAAAGCAATGTCAGAATTTTTGCCTTTTTCGCGACCAGCAATGGGCGTGGAGGAACTCGCTGCAGTTAAAGAGGTTCTCGAATCCGGTTGGATCACAACCGGTCCGAAGAATCAGGCGCTTGAGCAAGCTTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGCAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGAttt > 1:256595/1‑288 (MQ=255) tGGCGGAAGGAAAAGCAATGTCAGAATTTTTGCCTTTTTCGCGACCAGCAATGGGCGTGGAGGAACTCGCTGCAGTTAAAGAGGTTCTCGAATCCGGTTGGATCACAACCGGTCCGAAGAATCAGGCGCTTGAGCAAGCTTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGAttt > 1:1623196/1‑288 (MQ=255) gCGGAAGGAAAAGCAATGTCAGAATTTTTGCCTTTTTCGCGACCAGCAATGGGCGTGGAGGAACTCGCTGCAGTTAAAGAGGTTCTCGAATCCGGTTGGATCACAACCGGTCCGAAGAATCAGGCGCTTGAGCAAGCTTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCt > 2:711788/1‑289 (MQ=255) 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cagAATTTTTGCCTTGTTCGCGACCAGCAATGGGCGTGGAGGAACTCGCTGCAGTTAAAGAGGTTCTCGAATCCGGTTGGATCACAACCGGTCCGAAGAATCAGGCGCTTGAGCAAGCTTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCgg < 2:1757/286‑1 (MQ=255) agAATTTTTGCCTTTTTCGCGACCAGCAATGGGCGTGGAGGAACTCGCTGCAGTTAAAGAGGTTCTCGAATCCGGTTGGATCACAACCGGTCCGAAGAATCAGGCGCTTGAGCAAGCTTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTa > 1:546090/2‑289 (MQ=255) tttGCCTTTTTCGCGACCAGCAATGGGCGTGGAGGAACTCGCTGCAGTTAAAGAGGTTCTCGAATCCGGTTGGATCACAACCGGTCCGAAGAATCAGGCGCTTGAGCAAGCTTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGCTCAGCCACCGCCGGCATGCATAGTACGCCAATGGCGGTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAATGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACACTCTATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTaagagtt > 2:1042721/1‑284 (MQ=255) 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cTCGCTGCAGTTAAAGAGGTTCTCGAATCCGGCTGGATCACAACCGGTCCGAAGAATCAGGCGCTTGAGCAAGCTTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTTCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGCTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGac > 1:1715823/1‑287 (MQ=255) gCTGCAGTTAAAGAGGTTCTCGAATCCGGTTGGATCACAACCGGTCAGAAGAAGCAGGCGCTTGAGCCAGATTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCAGCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCGAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGTGTTTCAACCCTCAAGATGAATGTCTTGTTGGGGTCAAAGCCGGTAATGGTGGATGTCAGCCGTCAAACGCTGGTGGTCACGACTgcatctc > 2:1742302/1‑283 (MQ=255) tGCAGTTAAAGAGGTTCTCGAATCCGGTTGGATCACAACCGGTCCGAAGAATCAGGCGCTTGAGCAAGCTTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGAGGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATc > 2:604582/1‑289 (MQ=255) 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aTCCGGTTGGATCACAACCGGTCCGAAGAATCAGGCGCTTGAGCAAGCTTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGc < 1:1903014/289‑1 (MQ=255) gTTGGATCACAACCGGTCCGAAGAATCAGGCGCTTGAGCAAGCTTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTaa > 1:1286271/1‑289 (MQ=255) caACCGGTCCGAAGAATCAGGCGCTTGAGCAAGCTTTTTGCCAGTTGACGGGAAATCAGCATGCCATCGCGGTCAGTTCAGCCACCGCCGGAATGCATATCACGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCa > 2:133883/1‑276 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |