| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,938,513 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,938,513 | 0 | A | T | 97.9% | 544.0 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (111/119); minor base C (3/2); total (114/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,938,514 | 0 | G | C | 99.2% | 538.6 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (113/121); minor base A (1/1); total (114/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,938,515 | 0 | T | A | 99.2% | 542.0 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (113/120); minor base C (1/1); total (114/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
ACGCATCTGTTCTTTGCCGCTGTTCCCGGATATGACTACCGCCGATGCCGACCATGTCATCACAGCCCTTCAGCAACTCGCAGGACAATAAGCCATGTTTGAAATCCACCCTGTTAAGAAAGTCAGCGTGGTTATTCCCGTTTATAACGAGCAGGAAAGCTTACCGGAATTAATCAGGCGCACCACCACAGCCTGTGAAAGCTTGGGGAAAGAGTATGAGATCCTGCTGATTGATGACGGCAGTAGCGATAATTCCGCGCATATGCTGGTCGAAGCCAGTCAAGCGGAGAACAGCCATATTGTGTCTATTTTGCTTAACCGCAATTACGGGCAACATAGTGCGATTATGGCGGGATTCAGTCACGTTACTGGCGACTTAATTATTACCCTTGATGCCGATCTCCAGAATCCGCCAGAAGAAATCCCCCGCCTGGTGGCAAAAGCCGATGAAGGTTACGACGTGGTAGGGACTGTACGCCAGAACCGCCAGGACAGCTGGTTTCGTAAAACCGCTAGCAAGATGATTAACCGGCTTATTCAGCGCACCACTGGCAAAGCG > CP042583/1938236‑1938794 ||| aCGCATCTGTTCTTTGCCGCTGTTCCCGGATATGACTACCGCCGATGCCGACCATGTCATCACAGCCCTTCAGCAACTCGCAGGACAATAAGCCATGTTTGAAATCCACCCTGTTAAGAAAGTCTCGGTGGTTATTCCCGTTTATAACGAGCAGGAAAGCTTACCGGAATTAATCAGGCGCACCACCACAGCCTGTGAATCGTTGGGGAAAGAGTATGAGATCCTGCTGATTGATGACGGCAGTAGCGATAATTCCGCGCATATGCTGGTCGAAGCCTCACAAGCGgag < 1:679906/289‑1 (MQ=255) gCATCTGTTCTTTGCCGCTGTTCCCGGATATGACTACCGCCGATGCCGACCATGTCATCACAGCCCTTCAGCAACTCGCAGGACAATAAGCCATGTTTGAAATCCACCCTGTTAAGAAAGTCTCGGTGGTTATTCCCGTTTATAACGAGCAGGAAAGCTTACCGGAATTAATCAGGCGCACCACCACAGCCTGTGAATCGTTGGGGAAAGAGTATGAGATCCTGCTGATTGATGACGGCAGTAGCGATAATTCCGCGCATATGCTGGTCGAAGCCTCACAAGCGGAGaa < 1:133513/289‑1 (MQ=255) gCATCTGTTCTTTGCCGCTGTTCCCGGATATGACTACCGCCGATGCCGACCATGTCATCACAGCCCTTCAGCAACTCGCAGGACAATAAGCCATGTTTGAAATCCACCCTGTTAAGAAAGTCTCGGTGGTTATTCCCGTTTATAACGAGCAGGAAAGCTTACCGGAATTAATCAGGCGCACCACCACAGCCTGTGAATCGTTGGGGAAAGAGTATGAGATCCTGCTGATTGATGACGGCAGTAGCGATAATTCCGCGCATATGCTGGTCGAAGCCTAACAAGCGGAGaa > 2:678452/1‑289 (MQ=255) tGCCGCTGTTCCCGGATATGACTACCGCCGATGCCGACCATGTCATCACAGCCCTTCAGCAACTCGCAGGACAATAAGCCATGTTTGAAATCCACCCTGTTAAGAAAGTCTCGGTGGTTATTCCCGTTTATAACGAGCAGGAAAGCTTACCGGAATTAATCAGGCGCACCACCACAGCCTGTGAATCGTTGGGGAAAGAGTATGAGATCCTGCTGATTGATGACGGCAGTAGCGATAATTCCGCGCATATGCTGGTCGAAGCCTCACAAGCGGAGAACAGCCATATtgt > 2:1981032/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |