Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 537,956 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 537,956 | 0 | G | C | 100.0% | 471.4 / NA | 200 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 537,957 | 0 | C | G | 100.0% | 461.7 / NA | 200 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (109/91); total (109/91) | |||||||||||
* | CP042583 | 537,958 | 0 | T | A | 98.0% | 436.0 / NA | 200 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (105/87); minor base G (1/3); total (109/91) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.35e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
ACGTCATTTACAGAAATTGACACATCAGATGCCTGCTTTACGTTACTGCGCGGTAGTAATAAAACTCTGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGACCGGGGACGCCGAACTTCTGTCCCAGTTGCTGTTGGTACTGTTGCGCACGAGCCTGATCGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGGCTGACGGCTTGCGGTGTCACCATTGCAGGGCTGGTTGCAGGCGTTGTGCTCGGAGCTGTAACAACGGGCTGTGGCGCAGGCGTCGGTTCGCTGCCTTCCAGTACACCAGGCGCTAAGGTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTACTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCTTTTTAGCGTGCTATTACTGACCGGAAGAATGTCACCCTGCGGGCCAGACACACTACTTGTTCCCGCGCCACCGCTTAAATCGGGAGGTGCAGGCAGGGCGTAAG > CP042583/537677‑538236 ||| aCGTCATTTACAGAAATTGACACATCAGATGCCTGCTTTACGCTACTGCGCGGTAGTAATAAATGACTGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGACCGGGGACGCCGAACTTCTGTCCCAGTTGCTGTTGGTACTGTTGCGCACGAGCCTGATCGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCt < 2:387949/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |