| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,940,693 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,940,693 | 0 | A | T | 100.0% | 523.5 / NA | 221 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (106/115); total (106/115) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,940,694 | 0 | G | C | 99.1% | 519.7 / NA | 221 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (106/113); minor base T (0/2); total (106/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,940,695 | 0 | T | A | 100.0% | 528.3 / NA | 221 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (106/115); total (106/115) | |||||||||||
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
ATTGAGTATCATGTCAAAAAATGTGATGTCGTCTTGCCGCTGGTGGCGATAGCCACGCCGATTGAATATACCCGCAACCCGCTGCGCGTATTTGAACTCGATTTTGAAGAGAATCTGCGCATTATCCGCTACTGCGTGAAGTACCGTAAGCGAATCATCTTCCCGAGTACTAGTGAAGTTTATGGGATGTGTAGCGATAAATACTTCGATGAGGACCATTCTAATTTAATCGTCGGCCCGGTGAATAAACCACGCTGGATTTATAGCGTAAGTAAACAATTACTTGATCGGGTGATCTGGGCCTATGGCGAAAAAGAGGGTTTACAGTTCACCCTCTTCCGCCCGTTTAACTGGATGGGACCACGACTGGATAACCTTAATGCAGCGCGAATTGGCAGCTCCCGCGCTATTACGCAACTCATTCTCAATCTGGTAGAAGGTAGTCCGATTAAGCTGATTGATGGCGGAAAACAAAAACGCTGCTTTACTGATATTCGCGATGGTATCGAGGCGTTATACCGCATTATCGAAAATGCGGGAAA > CP042583/1940423‑1940964 ||| tGAGTATCATGTCAAAAAATGTGATGTCGTCTTGCCGCTGGTGGCGATAGCCACGCCGATTGAATATACCCGCAACCCGCTGCGCGTATTTGAACTCGATTTTGAAGAGAATCTGCGCATTATCCGCTACTGCGTGAAGTACCGTAAGCGAATCATCTTCCCGTCAACTTCAGAAGTTTATGGGATGTGTAGCGATAAATACTTCGATGAGGACCATTCTAATTTAATCGTCGGCCCGGTGAATAAACCACGCTGGATTTATTCGGTATCAAAACAATTACTTGATCgg < 2:1291644/289‑1 (MQ=255) tGAGTATCATGTCAAAAAATGTGATGTCGTCTTGCCGCTGGTGGCGATAGCCACGCCGATTGAATATACCCGCAACCCGCTGCGCGTATTTGAACTCGATTTTGAAGAGAATCTGCGCATTATCCGCTACTGCGTGAAGTACCGTAAGCGAATCATCTTCCCGTCAACTTCAGAAGTTTATGGGATGTGTAGCGATAAATACTTCGATGAGGACCATTCTAATTTAATCGTCGGCCCGGTGAATAAACCACGCTGGATTTATTCGGTATCAAAACAATTACTTGATCgg < 1:1168498/289‑1 (MQ=255) gAGTATCATGTCAAACAATGTGATGTCGTCTTGCCGCTGGTGGCGATAGCCACGCCGATTGAATATACCCGCAACCCGCTGCGCGTATTTGAACTCGATTTTGAAGAGAATCTGCGCATTATCCGCTACTGCGTGAAGTACCGTAAGCGAATCATCTTCCCGTCAACTTCAGAAGTTTATGGGATGTGTAGCGATAAATACTTCGATGAGGACCATTCTAATTTAATCGTCGGCCCGGTGAATAAACCACGCTGGATTTATTCGGTATCAAAACAATTACTTGATCggg < 1:800859/289‑1 (MQ=255) gAGTATCATGTCAAAAAATGTGATGTCGTCTTGCCGCTGGTGGCGATAGCCACGCCGATTGAATATACCCGCAACCCGCTGCGCGTATTTGAACTCGATTTTGAAGCGAATCTGCGCGTTATCCGCTACTGCGTGAAGTACCGTAAGCGAATCATCTTCCCGTCAACTTCAGAAGTTTATGGGATGTGTAGCGATAAATACTTCGATGAGGACCATTCTAATTTAATCGTCGGCCCGGTGAATAAACCACGCTGGATTTATTCGGTATCAAAACAATTACTTGATCggg < 2:223510/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |