Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,944,112 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,944,112 | 0 | A | T | 98.9% | 611.1 / NA | 265 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/1); new base T (128/134); total (130/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.17e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,944,113 | 0 | G | C | 99.2% | 604.7 / NA | 265 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (129/133); total (130/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,944,114 | 0 | C | G | 99.6% | 616.1 / NA | 265 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (129/135); minor base A (1/0); total (130/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
GTATCGTCCCAAATGATCTGGCTAACATTAGTCTTTGCCAGCTTGCTTAGCGTTGCCGGGCAGTTGTGTCAGAAACAGGCAACCTGCTTTGTGGCGATAAACAAACGGCGCAAACATATCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTAAGCCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCAGTGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTCATCTGCCGCCGATGACGCACTTATGGGATTTTATCGCGGCTCTGTTAGCTTTTGGCCTGGATGCCCGGATACTGTTACTCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTT > CP042583/1943833‑1944392 ||| tctcctCCCAACTGACCTGGCGAACATTAGTCTTTGCCAGCTTGCTTAGCGTTGCCGGGCAGTTGTGTCAGAAACAGGCAACCTGCTTTGTGGCGATAAACAAACGGCGCAAACATATCGTGCTGTGGCTAGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGTTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGACTGAATTTTGTCTGGATTAAGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCAAGAACCGGTAACGCCGCGTc > 1:851465/6‑288 (MQ=255) tattgccccAAATGATACGGCTAACATTAGTCTTGGCCCGCTTGCTTAGCGTTGCCGGGCAGTTGTGTCAGAAACAGGCAACCTGCTTTGTGGCGATAAACAAACGGCGCAAACATATCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCa < 2:419563/283‑1 (MQ=255) aTCGTCCTAAATGACCTTGCTAACATTAGTCTTTACAAGCTTGCTTAGCGTTGCCGGGCAGTTGTGTCAGAAACAGGCAACCTGCTTTGTGGCGATAAACAAACGGCGCAAACATATCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGGCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCa < 2:82765/288‑1 (MQ=255) aTCGTCCCAAATGATCTGGCTAACATTAGTCTTTGCCAGCTTGCTTAGCGTTGCCGGGCAGTTGTGTCAGAAACAGGCAACCTGCTTTGTGGCGATAAACAAACGGCGCAAACATATCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCAc < 2:197738/289‑1 (MQ=255) aTCGTCCCAAATGATCTGGCTAACATTAGTCTTTGCCAGCTTGCTTAGCGTTGCCGGGCAGTTGTGTCAGAAACAGGCAACCTGCTTTGTGGCGATAAACAAACGGCGCAAACATATCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCAc < 1:1180791/289‑1 (MQ=255) tCCCAAATGATCTGGCTAACATTAGTCTTTGCCAGCTTGCTTAGCGTTGCCGGGCAGTTGTGTCAGAAACAGGCAACCTGCTTTGTGGCGATAAACAAACGGCGCAAACATATCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGCTGTTAAGGCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGGCGCGTCGCTggg > 2:569633/1‑288 (MQ=255) tCCCAAATGATCTGGCTAACATTAGTCTTTGCCAGCTTGCTTAGCGTTGCCGGGCAGTTGTGTCAGAAACAGGCAACCTGCTTTGTGGCGATAAACAAACGGCGCAAACATATCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCCGGAAAACTGTGGCCCGCACGGGGATCGCCGCGTCCCTgg > 2:534982/1‑288 (MQ=255) tCCCAAATGATCTGGCTAACATTAGTCTTTGCCAGCTTGCTTAGCGTTGCCGGGCAGTTGTGTCAGAAACAGGCAACCTGCTTTGTGGCGATAAACAAACGGCGCAAACATATCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGGACCGGTATCGCCGCGTCACCggg > 2:1176781/1‑288 (MQ=255) tCCCAAATGATCTGGCTAACATTAGTCTTTGCCAGCTTGCTTAGCGTTGCCGGGCAGTTGTGTCAGAAACAGGCAACCTGCTTTGTGGCGATAAACAAACGGCGCAAACATATCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGgt > 1:1853161/1‑289 (MQ=255) aaTGATCTGGCTAACATTAGTCTTTGCCAGCTTGCTTAGCGTTGCCGGGCAGTTGTGTCAGAAACAGGCAACCTGCTTTGTGGCGATAAACAAACGGCGCAAACATATCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTggg > 1:1783258/1‑289 (MQ=255) aaTGATCTGGCTAACATTAGTCTTTGCCAGCTTGCTTAGCGTTGCCGGGCAGTTGTGTCAGAAACAGGCAACCTGCTTTGTGGCGATAAACAAACGGCGCAAACATATCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGACTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGGTGTTACGTCTGAATTTTGTCTGGGTGAACATGGCTGCAGCAAAAGTGTGGCACGAACCGGTCACACCGCGTCACGGGtgtgtg > 2:1668681/1‑287 (MQ=255) cTGGCTAACATTAGTCTTTGCCAGCTTGCTTAGCGTTGCCGGGCAGTTGTGTCAGAAACAGGCAACCTGCTTTGTGGCGATAAACAAACGGCGCAAACATATCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCg < 2:1853161/289‑1 (MQ=255) ggCTAACATTAGTCTTTGCCAGCTTGCTTAGCGTTGCCGGGCAGTTGTGTCAGAAACAGGCAACCTGCTTTGTGGCGATAAACAAACGGCGCAAACATATCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGtt < 2:1312255/289‑1 (MQ=255) ggCTAACATTAGTCTTTGCCAGCTTGCTTAGCGTTGCCGGGCAGTTGTGTCAGAAACAGGCAACCTGCTTTGTGGCGATAAACAAACGGCGCAAACATATCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGtt < 1:277968/289‑1 (MQ=255) aTTAGTCTTTGCCAGCTTGCTTAGCGTTGCCGGGCAGTTGTGTCAGAAACAGGCAACCTGCTTTGTGGCGATAAACAAACGGCGCAAACATATCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCattatt > 1:561622/1‑289 (MQ=255) gTCTTTGCCAGCTTGCTTAGCGTTGCCGGGCAGTTGTGTCAGAAACAGGCAACCTGCTTTGTGGCGATAAACAAACGGCGCAAACATATCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGGCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTTTCGCCGCGTCCCTGGTGTGGGGTGGCTTTCATTCTTggcg > 2:1935548/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |