Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,950,542 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,950,542 | 0 | A | T | 99.5% | 509.8 / NA | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,950,543 | 0 | C | G | 99.5% | 509.4 / NA | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (102/114); total (104/114) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,950,544 | 0 | T | A | 98.6% | 508.7 / NA | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (102/113); minor base C (2/1); total (104/114) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.07e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
CCGGCTTCAATCAGTGCCGGATAGAGATTTGCCACCGCCGTGCCGGAGGTCACAATCACCGCCACCGGCTGCTTGCTGACTTTCGCCAGCCCCAGCGCCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTG‑TGGTGAATGAATGCGGAATTCTCCGCCGCCGCTAACGTTAACGGTGTAGAACGGCT‑GCCTGGGGCGATACAGATGTGTCTGACGCCGTGACGCGTTAATGCTTCCAGAATGACCGCCGCCCAGCGTCGGTTAAATGCGCTTACACTCATGAGTTTGTCCGGTATCAATATTGCGGCTAAGTATAAGGAGCTACAAAAATAGATTATTGATATGAATCGGTAATGATGCGACTCATTATTATTCCATTTGTAATAAAGTACGCAGCCCTGCCGCTTTGTTGTCGATTTCCTGCCACTCTTGCTCGGGGTCGGAACCACGGACAATGCCCGCGCCAGCATATAATCGCACGACATTGCCGCTAATTTTTGCACTGCGCAGGGAAACGCAGAATTCGCTTTGTTGTAA > CP042583/1950267‑1950803 ||| cggtatgacctcggTGCCGGATAGAGATTTGCCACCGCCGTGCCGGAGGTCACAATCACCGCCACCGGCTGCTTGCTGACTTTCGCCAGCCCCAGCGCCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTG‑TGGTGAATGAAGGCGGAATTCTCCGCCGCCGCTAACGTTAACGGTGTAGAACGCGA‑GCCTGGGGCGATACAGATGTGTCTGACGCCGTGACGCGTTAATGCTTCCAGAATGACCGCCGCCCAGCGTCGGTTAAATGCGCTTACTGACATGAGTTTGt < 2:153560/276‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |