| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,952,920 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,952,920 | 0 | A | T | 99.6% | 600.0 / NA | 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,952,921 | 0 | G | C | 99.6% | 594.0 / NA | 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (143/108); minor base T (1/0); total (145/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,952,922 | 0 | T | A | 100.0% | 605.1 / NA | 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (145/108); total (145/108) | |||||||||||
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
CCTCGCATACGCCACCAGTTCATCATTTTTCCAACCGAGAATATGGCGATTATCCCCCGTCAAATCATCACCATCGATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACGCTTAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTAGTGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCAACATCCGACCCAGAGCGGACTTTGGTTGTTTGACTGCGGTGAAGGCACCCAGCATCAGCTACTGCATACCGCCTTTAACCCTGGAAAACTGGACAAGATTTTTATCAGTCACCTTCATGGCGATCATCTTTTTGGTTTACCCGGCTTGCTGTGCAGTCGTTCTATGAGTGGCATTATCCAACCCTTAACGATTTATGGTCCGCAAGGTATCCGTGAATTTGT > CP042583/1952640‑1953197 ||| ccTCGCATACGCCACCAGATCATCATTTTTCCAACCGAGAATATGGCGATTATCCCCCGTCAAATCATCACCATCGATATCCTGATAAGGGCAATCCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGACGTTGTAATCAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATGCAGAGTGATGAAGATCTTGCCAATCAATCATAATGCTCTGCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATCATTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTCTTACGGTACTTAAGCCGgt > 2:384082/1‑289 (MQ=255) tCGCATACGCCACCAGTTCATCATTTTTCCAACCGAGAATATGGCGATTATCCCCCGTCAAATCATCACCATCGATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGCTGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTGTTTGAAACGTGATTAACGCATGGAATGAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGgtgt > 2:1129641/1‑289 (MQ=255) cGCCACCAGTTCATCATTTTTCCAACCGAGAATATGGCGATTATCCCCCGTCAAATCATCACCATCGATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAACTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAAcc < 1:567497/289‑1 (MQ=255) ccaccaGTTCATCATTTTTCCAACCGAGAATATGGCGATTATCCCCCGTCAAATCATCACCATCGATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAAccc > 2:671149/1‑288 (MQ=255) 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atatGGCGATTATCCCCCGTCAAATCATCACCATCGATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCt < 1:1624126/287‑1 (MQ=255) atatGGCGATTATCCCCCGTCAAATCATCAACATCGATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCt < 1:1133047/287‑1 (MQ=255) gATTATCCCCCGTCAAATCATCACCATCGATATCCTGATAAGGGCAATTCTGCTCGACAACAAACACCGCGCAACGCAGTTGTAATAAGGCATAAAGCTGGGAAACCGATAATTCAGAGTGATGCAGATCTTGCCATTCAATCATAATGCTCTCCTTTTAGATGTATGCCTTATACTAGCCGGAATATTTTTTGAAACGTGATGAACTCATGGAATTAATTTTTTTAGGTACTTCAGCCGGTGTGCCAACCCGCACGCGCAATGTCACGGCAATATTGCTTAACCTGCa < 1:1408217/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |