Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,954,241 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,954,241 | 0 | A | T | 100.0% | 480.2 / NA | 202 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,954,242 | 0 | G | C | 99.5% | 477.7 / NA | 202 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (102/99); minor base A (0/1); total (102/100) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,954,243 | 0 | C | G | 100.0% | 474.8 / NA | 202 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (102/100); total (102/100) |
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
CTTGATTCAGCACAACCTTTGCAACTAAAAGGAGCCCATGATGGTTACAGTTGTCAGCAATTATTGTCAATTATCTCAAACGCAACTCAGTCAGACATTTGCAGAAAAATTTACTGTGACCGAGGAATTACTGCAGTCTTTAAAAAAAACAGCGTTATCCGGAGATGAAGAAAGCATTGAGTTACTGCATAATATTGCGTTAGGTTATGATAAATTTGGGAAAGAAGCTGAAGATATTCTTTACCATATTGTTAGAACCCCAACAAATGAGACCCTAAGCATTATCCGACTTATCAAAAATGCTTGTTTAAAATTATATAATCTGGCACATATCGCAACCAACTCCCCCCTCAAAAGTCATGATAGTGATGATCTCCTGTTCAAAAAACTATTCTCCCCTAGCAAATTAATGACAATTATCGGTGATGAAATTCCTCTTATATCTGAAAAACAG‑AGCCTTAGTAAGGTGCTTTTAAATGATGAGAATAATGAACTGAGTGATGGTACAAACTTCTGGGATAAAAATCGTCAATTAACCACAGATGAAATAGCTTGCT > CP042583/1953964‑1954520 ||| cTTGATTCAGCACAACCTTTGCAACTAAAAGGAGCCCATGATGGTTACAGTTGTCAGCAATTATTGTCAATTATCTCAAACGCAACTCAGTCAGACATTTGCAGAAAAATTTACTGTGACCGAGGAATTACTGCAGTCTTTAAAAAAAACAGCGTTATCCGGAGATGAAGAAAGCATTGAGTTACTGCATAATATTGCGTTAGGTTATGATAAATTTGGGAAAGAAGCTGAAGATATTCTTTACCATATTGTTAGAACCCCAACAAATGAGACCCTATCGATTATCCGa < 1:746363/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |