| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,956,015 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,956,015 | 0 | G | C | 100.0% | 627.4 / NA | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,956,016 | 0 | C | G | 100.0% | 633.5 / NA | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (131/136); total (131/136) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,956,017 | 0 | T | A | 98.5% | 625.5 / NA | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (127/136); minor base C (4/0); total (131/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.66e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
AGTTGGCGCTTTTCATAACCAATCTGACGGTATTCCGTTACCCACGCGGGGTTAAACTCAATTTGCGCTTTGACATCTTTTGCTACGGTAATCAACATCTGCCGCATTTCACTATTCAATACTTTCTGCGCTTCAGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTGCTCAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATACTTTCAATGCTTTTTGGATCGTCAATGCCAACGTTAAAGTCACCGTCAGTGGCTAATAAAATGCGATTGATGCCGCCCTTAATAAACCCCTTCGTCGCCTGCTGATAAGCCAGTTCCAGCCCGGCACCGCCATTGGTACTGCCTTCGGCATCCAGGCTATCAATTGCGGCATTAATTTCCGCCTTATGACTCCCGGAGATAGAAGGCAATGCAATACGGGAGTCGCCAGCGTAGGTCACGATGGCAATGTTATCCTGCTCACGAAGTTCTTTGACCAATA > CP042583/1955737‑1956286 ||| aGTTGTCTCTTTTCATAACCAATCTGACGGTAGTCCGTTCCCAACGCGGGGTTAAACGCAATATGCGCGTGGACATCTTTTGCTACGGTAATCAAAATCTGCCGAATTTAACTATTCAAGACTTTCTGCGCTTCAGTGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTCGACAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATAGATTCAATCGATTTTGGa < 2:1263245/288‑1 (MQ=255)aGTTGGCGCTTTTCATAACCAATCTGACGGTATTCCGTTACCCACGCGGGGTTAAACTCAATTTGCGCTTTGACATCTTTTGCTACGGTAATCAACATCTGCCGCATTTCACTATTCAATACTTTCTGCGCTTCAGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGAAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGATATTCCCAACGCCAAACGTCGACAGAGTAACAGCAGACCACCGCCGTTTTTTGACCATGGATTCAATCGATTTTGGAt > 2:46518/1‑289 (MQ=255) ttttCATAACCACTCTGTCGTTCTTCCGTAACACACTGGTAGTTACACTCAATGTGCGCTTTGACATCTTTTGCTACGGTAAGCAACATCTGCCGCATTTCACTATTCAATACTTTCTGGGCTTCAGAGAGGGTATCGATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACGATCATTGCCGCGTTGTAATTGCTATGCCCCACGCCAAACGTCGCCAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATTGACTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGc < 2:1103653/289‑1 (MQ=255) tttCATAACCAATCTGACGGTATTCCGTTACCCACGCGGGGTTAAACTCAATTTGCGCTTTGACATCTTTTGCTACGGTAATCAACATCTGCCGCATTTCACTATTCAATACTTTCTACGCTTCAGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTCGACAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGcc < 2:226305/289‑1 (MQ=255) 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tttGCGCTTTGACATCTTTTGCTACGGTAATCAACATCTGCCGCATTTCACTATTCAATACTTTCTGCGCTTCAGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTCGACAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGCCAACGTTAAAGTc < 1:1682906/250‑1 (MQ=255) gcTTTGACATCTTTGGCTACGGTAATCAACATCTGCCGCATTTCACTATTCAATACTTTCTGCGCTTCAGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTCGACAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGCCAACGTTAAAGTCACCGTCAGTGGCTAATAAAATGCGATTGATGCCGCCCTtaata < 1:331705/288‑1 (MQ=255) tCTTTTGCTACGGTAATCAACATCTGCCGCATTTCACTATTCAATACTTTCTGCGCTTCAGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTCGACAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGCCAACGTTAAAGTCACCGTCAGTGGCTAATAAAATGCGATTGATGCCGCCCTTAATAAACCCCTtcg < 2:1556995/289‑1 (MQ=255) 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AGTTGGCGCTTTTCATAACCAATCTGACGGTATTCCGTTACCCACGCGGGGTTAAACTCAATTTGCGCTTTGACATCTTTTGCTACGGTAATCAACATCTGCCGCATTTCACTATTCAATACTTTCTGCGCTTCAGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTGCTCAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATACTTTCAATGCTTTTTGGATCGTCAATGCCAACGTTAAAGTCACCGTCAGTGGCTAATAAAATGCGATTGATGCCGCCCTTAATAAACCCCTTCGTCGCCTGCTGATAAGCCAGTTCCAGCCCGGCACCGCCATTGGTACTGCCTTCGGCATCCAGGCTATCAATTGCGGCATTAATTTCCGCCTTATGACTCCCGGAGATAGAAGGCAATGCAATACGGGAGTCGCCAGCGTAGGTCACGATGGCAATGTTATCCTGCTCACGAAGTTCTTTGACCAATA > CP042583/1955737‑1956286 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |