| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,960,208 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,960,208 | 0 | A | T | 100.0% | 564.5 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,960,209 | 0 | G | C | 99.6% | 558.3 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (134/101); minor base A (1/0); total (135/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,960,210 | 0 | T | A | 100.0% | 561.5 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (135/101); total (135/101) | |||||||||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
ACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGACAATAATATCCATGGTAGTATATGTTGCAATGTGATTCCAGAACAATCTCCGCAAGCTATCTATCACCATTTTCTG‑AAAATACGTGAGCGTAACAATGTTAGTGATGTTTTGGTAGAAATTACGATGTTCGATGACCCAGACTGGCCCTTTAGTGAAAGTATTTTAGTTATCACCACTGCTAGTCCAGAAGAAGTTCAGAGCTGGTTTGTAGAAGAAATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGAGTGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTAGTCCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACCGT > CP042583/1959928‑1960489 ||| cTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGACAATAATATCCATGGTTCAATATGTTGCAATGTGATTCCAGAACAATCTCCGCAAGCTATCTATCACCATTTTCTG‑AAAATACGTGAGCGTAACAATGTTAGTGATGTTTTGGTAGAAATTACGATGTTCGATGACCCAGATTTGCCCTTTAGTGAAAGTATTTTAGTTATCACCACTGCTTCACCagaata > 2:1296116/1‑287 (MQ=255) 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ACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGACAATAATATCCATGGTAGTATATGTTGCAATGTGATTCCAGAACAATCTCCGCAAGCTATCTATCACCATTTTCTG‑AAAATACGTGAGCGTAACAATGTTAGTGATGTTTTGGTAGAAATTACGATGTTCGATGACCCAGACTGGCCCTTTAGTGAAAGTATTTTAGTTATCACCACTGCTAGTCCAGAAGAAGTTCAGAGCTGGTTTGTAGAAGAAATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGAGTGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCGGTTACTTGTTGGTGGGATTAAAACATTTATATAAACAGATAAGCGGATGTTTACATAAATTTTTATGTGAAGGAACATGATGAAACTTATTCCTCGCAGTAGTGATATTAGTCCTGGCATTGATGGAATTTGCCCGGGGCCTTTTCCTCCGAACGGATTTACCGT > CP042583/1959928‑1960489 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |