Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,973,358 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,973,358 | 0 | A | T | 99.6% | 638.0 / NA | 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,973,359 | 0 | C | G | 99.2% | 629.0 / ‑4.6 | 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (127/138); minor base A (1/1); total (128/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,973,360 | 0 | T | A | 100.0% | 640.9 / NA | 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (128/140); total (128/140) |
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
ACATGGCGACCAACCGGCTGGCGGAAGATCTGACTGTAGAACGTTGCCACACCTTCGACGTCGCTTGCCGGAATACCCAGCACATCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCAC‑GCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCACTCATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCGGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCAGCTCACTTGCAGGAAGTGGGTGATCAGGGTTTCGATATGTTGCAGCGTGCGCTCTTTCGGCG > CP042583/1973078‑1973638 ||| acaTGGCGACCAACCGGCTGGCGGAAGATCTGACTGTAGACCGTTGCCACACCTTCGACGTCGCTTGCCGGAATACCCAGCACATCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCAC‑GCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAAc < 1:207874/289‑1 (MQ=255) acaTGGCGACCAACCGGCTCGCGGAAGATCTGACTGTAGAACGTTGCCACACCTTCGACGTCGCTTGCCGGAATACCCAGCACATCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCAC‑GCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAAc < 1:410777/289‑1 (MQ=255) gACCAACCGGCTGGCGGAAGATCTGACTGTAGAACGTTGCCACACCTTCGACGTCGCTTGCCGGAATACCCAGCACATCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCAC‑GCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCg > 2:572426/1‑289 (MQ=255) aCCGGCTGGCGGAAGATCTGACTGTAGAACGTTGCCACACCTTCGACGTCGCTTGCCGGAATACCCAGCACATCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCAC‑GCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGAt > 1:137670/1‑286 (MQ=255) ggCTGGCGGAAGATCTGACTGTAGAACGTTGCCACACCTTCGACGTCGCTTGCCGGAATACCCAGCACATCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCAC‑GCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACTGcc < 1:1281391/289‑1 (MQ=255) gCTGGCGGAAGGACGGCCTGAAGACCGTGGCCACCCCTTCGACGTCGCTTCCCGGAATACCCAGCACATCGGCGATCGCTGGGATCGACCCATCCGGCACCCAGCCAC‑GCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACTGcc < 2:1895990/288‑1 (MQ=255) cTGGCGGAAGATCTGACTGTAGAACGTTGCCACACCTTCGACGTCGCTTGCCGGAATACCCAGCACGTCGGCGATCGCGTTGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCAC‑GCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACTGccc < 2:683608/288‑1 (MQ=255) 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cGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCAC‑GCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCGGAATTTGCTGCAAATGCGCaaa > 1:1213919/1‑288 (MQ=255) cGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCAC‑GCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCGGAATTTGCTGCAAATGCGCaaa > 1:1972459/1‑288 (MQ=255) cGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCAC‑GCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCGGAATTTGCTGCAAATGCGCaaa > 1:1899765/1‑288 (MQ=255) 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2:1747160/1‑254 (MQ=255) cGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCGGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCaa > 2:606918/1‑190 (MQ=255) cGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCGGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCaa < 1:606918/190‑1 (MQ=255) cGGTCCACATCTGACATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCGGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCACGACACTTGCAGGAAGTGGGTGATCAGGGTTTCGATATGTTGCAGCGTGCGCTCTTTcg > 2:837130/1‑289 (MQ=255) ||| ACATGGCGACCAACCGGCTGGCGGAAGATCTGACTGTAGAACGTTGCCACACCTTCGACGTCGCTTGCCGGAATACCCAGCACATCGGCGATCGCGTGGATCGCACCATCCGGCACCCAGCCAC‑GCTGCTTCTGAACGATTTTCAGCGCTTCAATGGACGCCGCACGCGGGTCTTCGTAGTGGTGCATCTCGTGCTCGATCGCTTCACGCTCTGCCGCACTCAGCTCAAAAGCCTCGGTTTGTGGTTGTTGATTCTCGTGCATAATTAGCGGTCCACATCACTCATAACAAAATCGATACTGCCCAGATAAACAATCAGGTCAGACACCAGGCTGCCGCGGATCGCCGCCGGAATTTGCTGCAAATGCGCAAAGCTCGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCAGCTCACTTGCAGGAAGTGGGTGATCAGGGTTTCGATATGTTGCAGCGTGCGCTCTTTCGGCG > CP042583/1973078‑1973638 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |