| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 550,409 | 6 bp→TCATCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 550,409 | 0 | A | T | 100.0% | 335.6 / NA | 141 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 550,410 | 0 | G | C | 100.0% | 333.0 / NA | 141 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (90/51); total (90/51) | |||||||||||
| * | CP042583 | 550,411 | 0 | T | A | 100.0% | 336.7 / NA | 141 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (90/51); total (90/51) | |||||||||||
| * | CP042583 | 550,412 | 0 | A | T | 100.0% | 336.4 / NA | 141 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (90/51); total (90/51) | |||||||||||
| * | CP042583 | 550,413 | 0 | G | C | 100.0% | 331.8 / NA | 141 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (90/51); total (90/51) | |||||||||||
| * | CP042583 | 550,414 | 0 | T | A | 99.3% | 333.4 / NA | 141 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (89/51); minor base C (1/0); total (90/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
AATCATTATCATTTCCTTATGGTTGCAGATAAAACATATTATATTTTTATGTGTTCCATTTTTGCGTAAGCCTTATTTTATGCGTATTATGTCGCGTCAGAAAAGTATAAATAAACGAGCCTCGCAATGCGGCTAATATTCATTTAATGAATATTTAAGGATAAATTATATGGACATGGAGAGCCAAAAAATATTGTTTGCACTTTCCACTCCGATGGAAATACGCAATGAATGCTGTTTACCTAGCCATAGTAGTCCCAAAATGTATTTAGGTACATGCTTTTTTGACCTTTCTTCCAGTTGGGGAATTGATGACCGTGATGACCTGCTGCGCACAATTCACCGAATGATCGATAACGGTCATGCCGCTCGGTTGGCAGGGTTTTATCACCGCTGGTTTCGTTATAGCCCATGTGAATGGCGTGACTATCTTGCTGAACTAAATGAGCAAGGTCAGGCTTATGCGCAATTTGTCGCCAGCACCGCCGAATGCTGTGGCGAAGGGGGAATCAAAGC > CP042583/550159‑550674 |||||| aaTCATTATCATTTCCTTATGGTTGCAGATAAAACATATTATATTTTTATGTGTTCCATTTTTGCGTAAGCCTTATTTTATGCGTATTATGTCGCGTCAGAAAAGTATAAATAAACGAGCCTCGCAATGCGGCTAATATTCATTTAATGAATATTTAAGGATAAATTATATGGACATGGAGTCGCAAAAAATATTGTTTGCACTTTCCACTCCGATGGAAATACGCAATGAATGCTGTTTACCTTCGCATTCATCACCCAAAATGTATTTAGGTACATGCTTTTTTGAc < 2:93149/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |