| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 552,214 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 552,215 | 0 | G | C | 100.0% | 484.8 / NA | 205 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (105/100); total (105/100) | |||||||||||
| * | CP042583 | 552,216 | 0 | T | A | 99.5% | 482.4 / NA | 205 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (104/100); total (105/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
ACCCATTACTGGTGATGATGATTGAAGCGCGTGATCTGGTTAACGATCAGGGAAAACCGCTACTTTATGTCCCCGGCGACAGCGCCCGTACGCGTTTTCATTTATACGAAATACTCAGCGATGAAAAACTCTCTGCGCTGGGGCGTAGTCTGGTCGAGATGGTTTTG‑CACAAAGGACGTAAGCCGCGGATCAGTCTCACGCGTGATACAGAACATACCTTATGGCCATTATATCTAGTTGCCAAACAATTAGTGCAGGCCTGCCAACCTACAGAAGAAAGTTTAATGCCGATTGTGAGCCGCCTTGATGCAGAAAATCGTTGTCCACTGGAAGCATTAATTATTCGTCGATTATTAATTCAGGCGGCGAATTTTACCGAGAAGCAAACTGTTGAACCGGAGCCGCAACCGCAGCCAATGCCCGTTGACGATGGTGGGCCAGGCTGTCTGGGCATCATTAAAATTATTTTCTATATTTTTATCTTTGCTGGTTTGATAGGGAAAATACTCCATCTGTTCGGGTGACAGTCGACGTTAATGTGCGGGAAGCCCGGCAA > CP042583/551936‑552491 ||| ggTGATGATGCTTGAAGCGAGTGATCTGGTTAACGATCAGGGAAAACCGCTACTTTATGCCCCCGGCGACAGCGCCCGTACGCGTTTTCATTTATACGAAATACTCAGCGATGAAAAACTCTCTGCGCTGGGGCGTTAACTGGTCGAGATGGTTTCG‑CACAAAGGACGTAAGCCGCGGATCTCACTCACGCGTGATACAGAACATACCTTATGGCCATTATATCTAGTTGCCAAACAATTAGTGCAGGCCTGCCAACCTACAGAAGAATCATTAATGCCGATTGTGAgc < 1:727444/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |