| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 552,742 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 552,743 | 0 | C | G | 99.0% | 449.7 / ‑2.2 | 196 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (93/100); minor base T (1/1); total (94/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.65e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 552,744 | 0 | T | A | 99.5% | 456.3 / NA | 196 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (93/102); total (94/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |