| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 555,697 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 555,697 | 0 | G | C | 99.5% | 425.6 / NA | 183 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (87/95); minor base A (1/0); total (88/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 555,698 | 0 | C | G | 99.5% | 421.3 / NA | 183 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (86/95); total (88/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 555,699 | 0 | T | A | 99.5% | 431.3 / ‑6.0 | 183 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (88/94); minor base G (0/1); total (88/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
ACGCCGCATCAAAATCGGTGATCACCCGGCCGATCTCTTCTCGCTCGTCACCCAGCGCCCGCGCCCACAACTCTTCCAGTTTGGCTTTAAAGGTGCGATTGATGAGCATATCGCGCGGATAAATTTTCAATGCGGATAACCGCGTCCGACTCTCTTCAATCTGCTGCGCGCTCAATGTTACCGGGCTGTGGTTAATCACTCTGGACTTAACGCTGCCGTCTTCCAGAAGCACGTCAACTTCAAGCAACCCGTTGATATCATAACTAAAGCGAATATCAATGCTCTGATAAGCCCCGGTTTTCTTCAACGGCACATCGAAGGATTCCACCAGAATGTTGTTTTTAACTTTGTGGTTTTCTCCCTGATAGACGTTAACCGTAATACTATCCTGTTCCGGGTGCATGGTACTATAAGTTTCTACACGGCTCACGGGCACAGTGGTGTTTCGTTCAATAATCGGGCTGAAAATGCCGGAAACGCCCTGGCGGTTAACTTCAACGCCCAAGCTGTAAGGGCAAATATCAGTGAGGATTACCTCTTCAATATCTTCACTGCG > CP042583/555417‑555972 ||| aCGCCGCATCAAAATCGGTGATCACCCGGCCGATCTCTTCTCGCTCGTCACCCAGCGCCCGCGCCCACAACTCTTCCAGTTTGGCTTTAAAGGTGCGATTGATGAGCATATCGCGCGGATAAATTTTCAATGCGGATAACCGCGTCCGACTCTCTTCAATCTGCTGCGCGCTCAATGTTACCGGGCTGTGGTTAATCACTCTGGACTTAACGCTGCCGTCTTCCAGAAGCACGTCAACTTCAAGCAACCCGTTGATATCATAACTAAAGCGAATATCAATCGACTGATa > 1:861494/1‑289 (MQ=255) cgcATCAAAATCGGTGATCACCCGGCCGATCTCTTCTCGCTCGTCACCCAGCGCCCGCGCCCACAACTCTTCCAGTTTGGCTTTAAAGGTGCGATTGATGAGCATATCGCGCGGATAAATTTTCAATGCGGATAACCGCGTCCGACTCTCTTCAATCTGCTGCGCGCTCAATGTTACCGGGCTGTGGTTAATCACTCTGGACTTAACGCTGCCGTCTTCCAGAAGCACGTCAACTTCAAGCAACCCGTTGATATCATAACTAAAGCGAATATCAATCGACTGATAAGc > 2:43256/1‑288 (MQ=255) cATCAAAATCGGTGATCACCCGGCCGATCTCTTCTCGCTCGTCACCCAGCGCCCGCGCCCACAACTCTTCCAGTTTGGCTTTAAAGGTGCGATTGATGAGCATATCGCGCGGATAAATTTTCAATGCGGATAACCGCGTCCGACTCTCTTCAATCTGCTGCGCGCTCAATGTTACCGGGCTGTGGTTAATCACTCTGGACTTAACGCTGCCGTCTTCCAGAAGCACGTCAACTTCAAGCAACCCGTTGATATCATAACTAAAGCGAATATCAATCGACTGATAAGcccc > 1:963144/1‑289 (MQ=255) gTGATCACCCGGCCGATCTCTTCTCGCTCGTCACCCAGCGCCCGCGCCCACAACTCTTCCAGTTTGGCTTTAAAGGTGCGATTGATGAGCATATCGCGCGGATAAATTTTCAATGCGGATAACCGCGTCCGACTCTCTTCAATCTGCTGCGCGCTCAATGTTACCGGGCTGCGGTTAATCACTCTGGACTTAACGCTGCCGTCTTCCAGAAGCACGTCAACTTCAAGCAACCCGTTGATATCATAACTAAAGCGAATATCAATCGACTGATAAGCCCCGGTTTTCTTCa > 2:227701/1‑289 (MQ=255) 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ctcgTCACCCAGCGCCCGCGCCCACAACTCTTCCAGTTTGGCTTTAAAGGTGCGATTGATGAGCATATCGCGCGGATAAATTTTCAATGCGGATAACCGCGTCCGACTCTCTTCAATCTGCTGCGCGCTCAATGTTACCGGGCTGTGGTTAATCACCCTGGACTTAACTCTGCCGTCTTCCAGAAGCCCGTCAACTTCAAGCAACCCGTTGCTATCATAACTAACGCGAATATCCATCGACTGATAAGCCCAGGGTTTCTTCAACTGCAAATCCAAGGCTGccacatga > 2:742792/1‑285 (MQ=255) tCACCCAGCGCCCGCGCCCACAACTCTTCCAGTTTGGCTTTAAAGGTGCGATTGATGAGCATATCGCGCGGATAAATTTTCAATGCGGATAACCGCGTCCGACTCTCTTCAATCTGCTGCGCGCTCAATGTTACCGGGCTGTGGTTAATCACTCTGGACTTAACGCTGCCGTCTTCCAGAAGCACGTCAACTTCAAGCAACCCGTTGATATCATAACTAAAGCGAATATCAATCGACTGATAAGCCCCGGTTTTCTTCAACGGCACATCGAAGGATTCCACCAGAAtgt > 1:358428/1‑289 (MQ=255) gcgcccgcgcccACAACTCTTCCAGTTTGGCTTTAAAGGTGCGATTGATGAGCATATCGCGCGGATAAATTTTCAATGCGGATAACCGCGTCCGACTCTCTTCAATCTGCTGCGCGCTCAATGTTACCGGGCTGTGGTTAATCACTCTGGACTTAACGCTGCCGTCTTCCAGAAGCACGTCAACTTCAAGCAACCCGTTGATATCATAACTAAAGCGAATATCAATCGACTGATAAGCCCCGGTTttc < 1:1934794/248‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |