| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 555,799 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 555,800 | 0 | C | G | 99.4% | 417.6 / NA | 178 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (88/88); total (90/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 555,801 | 0 | T | A | 99.4% | 420.2 / NA | 178 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (89/88); total (90/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
GCATATCGCGCGGATAAATTTTCAATGCGGATAACCGCGTCCGACTCTCTTCAATCTGCTGCGCGCTCAATGTTACCGGGCTGTGGTTAATCACTCTGGACTTAACGCTGCCGTCTTCCAGAAGCACGTCAACTTCAAGCAACCCGTTGATATCATAACTAAAGCGAATATCAATGCTCTGATAAGCCCCGGTTTTCTTCAACGGCACATCGAAGGATTCCACCAGAATGTTGTTTTTAACTTTGTGGTTTTCTCCCTGATAGACGTTAACCGTAATACTATCCTGTTCCGGGTGCATGGTACTATAAGTTTCTACACGGCTCACGGGCACAGTGGTGTTTCGTTCAATAATCGGGCTGAAAATGCCGGAAACGCCCTGGCGGTTAACTTCAACGCCCAAGCTGTAAGGGCAAATATCAGTGAGGATTACCTCTTCAATATCTTCACTGCGTAAGCGGCAGGCGGCCTGGATTGCTGCGCCCAGCGCGACAATGGTGCTCGGATCGTAACTTTGATACGGTAATTTGCCAAACAGACGCACGGCGATTCGCTGCACCA > CP042583/555522‑556079 ||| gctattcggtcgGTTAAATTTTCAATGCGGATAACCGCGTCCGACTCTCTTCAATCTGCTGCGCGCTCAATTTTACCGGGCTGTGGTTAATCACTCTGGACTTAACGCTGCCGTCTTCCAGAAGCACGTCAACTTCAAGCAACCCGTTGATATCATAACTAAAGCGAATATCAATCGACTGATAAGCCCCGGTTTTCTTCAACGGCACATCGAAGGATTCCACCAGAATGTTGTTTTTAACTTTGTGGTTTTCTCCCTGATAGACGTTAACCGTAATTGAATCCTGtt < 2:1339241/278‑1 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |