| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 556,822 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 556,822 | 0 | G | C | 99.4% | 398.9 / NA | 173 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (79/93); total (80/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 556,823 | 0 | C | G | 100.0% | 404.0 / NA | 173 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (80/93); total (80/93) | |||||||||||
| * | CP042583 | 556,824 | 0 | T | A | 100.0% | 408.5 / NA | 173 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (80/93); total (80/93) | |||||||||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
ATCGCAGCTGCTGTGGGTTCATTAATTAAGCGTACCGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAAACTGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGGCTAGTACGCCGACTTACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTCCAGACGGCAATTAAACTATTGGTAGTACCGAGATCGATACCAATGGCGAGTTCTGCATTATCCATTGCATTTATATCTTGAAAGAAAAAGAGATAAACAGATTAAGACCACCCAGGTAACGCGTGGTGATCTTAATCAATGACGTGTGT > CP042583/556544‑557094 ||| aTCGCAGCTGCTGTGGGTTCATTAATTAAGCGTACCGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGcc > 1:314974/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |