Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 448,473 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 448,473 | 0 | A | T | 99.5% | 476.7 / NA | 207 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 448,474 | 0 | G | C | 100.0% | 484.6 / NA | 207 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (105/102); total (105/102) | |||||||||||
* | CP042583 | 448,475 | 0 | C | G | 99.0% | 472.3 / NA | 207 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (103/102); total (105/102) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
CGGCGGTACGCTGGCTGCCGAAGCGGCGGGATTACTTGCCGGACACCTTGGCGTGGAAGCCGACGATACCCATCAACATGGCATGATGCTGGACGCCGATAGCCACCAGATTATTGACCTCGGCGATGATTTCTACACCGTCGGGCGTCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCAGCCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCAGCCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTAGCCTACCGGAAGCCACCTTGCTGGCGGCAGCGTTAATTCATCCGCTCAGCCCTGCCGCACAGCAACACACACCGAGTTTACTGGAAAACGTCGCCGTGATTAACATCGGATTACGCAGCTTTGCGCTG > CP042583/448199‑448754 ||| ggcggTCCGCTTGCTGCCGAAGCGGCGGGATTACTTGCCGGACACCTTGGCGTGGAAGCCGACGATACCCATCAACATGGCATGATGCTGGACGCCGATAGCCACCAGATTATTGACCTCGGCGATGATTTCTACACCGTCGGGCGTCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCt < 1:1421471/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |