Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 562,432 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 562,432 | 0 | G | C | 99.6% | 535.9 / NA | 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 562,433 | 0 | C | G | 99.1% | 525.3 / NA | 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base G (113/112); total (113/115) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 562,434 | 0 | T | A | 99.6% | 532.0 / NA | 228 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (113/113); total (113/115) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
AGCCGCAGTAAGCTCAATACCATTTGCGCTCAGCGGCGGCTGGATATATGGCCCACGGCTGAAGCTGCTCATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATGCTCTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCACTTTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGGCTG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CGCTC‑TCCGGCCAGATAATCAAGCTACTTTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGCGTATTAAGAAGCTGGCCTTCGTCCCATTTCAGGCTTTGCGGAATATCGCCCTGAACCATGCTAACCTGAATGGTTTTCTCCGGTTGTGGGGTAAACCACTGGATGTAACGCAGCGGGAAGGGAAGGGCAAAC > CP042583/562159‑562711 ||| cGCAGTAAGCTCAATACCATTTGCCGACAGCGGCGGCTGGATATATGGCCCACGGCTGAACGACGACATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACg < 1:1159553/288‑1 (MQ=255) 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aaTACCATTTGCCGACAGCGGCGGCTGGATATATGGCCCACGGCTGAACGACGACATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTcc > 1:786844/1‑289 (MQ=255) aTACCATTTGCCGACAGCGGCGGCTGGATATATGGCCCACGGCTGAACGACGACATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCa > 1:1580352/1‑289 (MQ=255) aTACCATTGGCCGACAGCGGCGGCGGGGTATATGGCCCACGGCTGAACGACGACATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCa < 2:408354/289‑1 (MQ=255) 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atatatGGCCCACGGCTGAACGACGACATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTa < 1:205781/288‑1 (MQ=255) cggctgaacgacgacATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑gg > 1:1765471/15‑289 (MQ=255) aacgacgacATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATc > 1:1694019/9‑288 (MQ=255) cgacATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGAt > 2:96427/4‑275 (MQ=255) acATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATcg‑ccgact > 2:66076/2‑283 (MQ=255) tCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATCGACTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCTGATTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CCGAC‑TCCGGCCAGAt < 1:403822/287‑1 (MQ=255) 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cgTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CCGAC‑TCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGCGTATTAAGAAGCTGGCCTTCGTCCCATTTCAGCGATTGCGGAATATCGCCCTGAACCATCGAAACCTGAATGGTTTTCTCCGGTTGTGGGGTAAACCACTGGATGTAACGCAGCgggaa > 1:776619/1‑289 (MQ=255) gACCATCCCGGTTACCAGCCAG‑CTACCTTTTTCACGCAACTCACCTTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CCGAC‑TCCGGCCATATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGCGTATTAAGAAGCTGGCCTTCGTCCCATTTCAGCGATTGCGGAATATCGCCCTGAACCATCGAAACCTGAATGGTTTTCTCCGGTTGTGGGGTAAACCACTGGATGTAACGCAGCgggaaggga < 1:1890853/289‑1 (MQ=255) tCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CCGAC‑TCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAg < 2:544796/130‑1 (MQ=255) tCCCGGTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CCGAC‑TCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGCGTATTAAGAAGCTGGCCTTCGTCCCATTTCAGCGATTGCGGAATATCGCCCTGAACCATCGAAACCTGAATGGTTTTCTCCGGTTGTGGGGTAAACCACTGGATGTAACGCAGCGGGAAGGGAAGGGc > 1:490107/1‑289 (MQ=255) ggTTACCAGCGAG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CCGAC‑TCCGGCCAGATAATCAACGATGATTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGCGTATTAAGAAGCTGGCCTTCGTCCCATTTCAGCGATTGCGGAATATCGCCCTGAACCATCGAAACCTGAATGGTTTTCTCCGGTTGTGGGGTAAACCACTGGATGTAACGCAGCGGGAAGGGAAGGGCAAAc > 1:819742/1‑289 (MQ=255) ||| AGCCGCAGTAAGCTCAATACCATTTGCGCTCAGCGGCGGCTGGATATATGGCCCACGGCTGAAGCTGCTCATCGGCAGATCAAAGAACGGTGCTAACGGACGCAGAATGCTCTCCAGCGGGACAAACTCGCCAAACGGCACCAGATGGTTTTTGTTATAGCGATCGGCACTTTCGTAGCTGTACGGCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGGCTG‑CTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC‑GGTTATCG‑CGCTC‑TCCGGCCAGATAATCAAGCTACTTTTGCCCATCAGCGGTGCCGTTGCGTTGTAGTAAATCTTCAGCGTATTAAGAAGCTGGCCTTCGTCCCATTTCAGGCTTTGCGGAATATCGCCCTGAACCATGCTAACCTGAATGGTTTTCTCCGGTTGTGGGGTAAACCACTGGATGTAACGCAGCGGGAAGGGAAGGGCAAAC > CP042583/562159‑562711 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |