Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 576,568 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 576,568 | 0 | A | T | 97.6% | 489.0 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (87/119); minor base G (4/1); total (92/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 576,569 | 0 | G | C | 99.5% | 487.7 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (91/120); total (92/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 576,570 | 0 | C | G | 99.1% | 488.3 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (90/120); minor base T (1/1); total (92/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
TGATTACAGAACATCGGCAGTACAATTTGCAGCAAAATAAAAATACGGCTTGAAACGAGCCAAATAGGGTTCTCGTAGGGGGAATAAGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGAGCAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAAATTAACATGGGTGTACTGGCGGGTATCATTACCGGTCTGGTTGGTGGCGCAGCCTATAACCGTTGGTCCGATATTAAACTGCCGGACTTCCTGAGCTTCTTCGGCGGC‑AAACGCTTTGTGCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGC > CP042583/576288‑576848 ||| tGATTACAGAACATCGGCAGTACAATTTGCAGCAAAATAAAAATACGGCTTGAAACGAGCCAAATAGGGTTCTCGTAGGGGGAATAAGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGACCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGAc > 1:566861/1‑289 (MQ=255) 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aGTACAATTTGCAGCAAAATAAAAATACGGCTTGAAACGAGCCAAATAGGGTTCTCGTAGGGGGAATAAGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTgcggcggcg < 1:466194/289‑1 (MQ=255) gTACAATTTGCAGCAAAATAAAAATACGGCTTGAAACGAGCCAAATAGGGTTCTCGTAGGGGGAATAAGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTgcggcggc > 1:1989679/1‑287 (MQ=255) aaTTTGCAGCAAAATAAAAATACGGCTTGAAACGGGCCAAATAGGGTTAGCGTAGGGGGAATAAGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTGACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGc < 2:1281821/289‑1 (MQ=255) 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tGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAAATTAACATgg < 1:1388403/288‑1 (MQ=255) tGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAAATTAACATgg < 1:16248/288‑1 (MQ=255) tGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAAACCAGAAATTAACATggg > 1:862045/1‑289 (MQ=255) 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aTCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAAATTAACATGGGTGTACTGGCGGGTATCATTACCGGTCTGGTTGGTGGCGCAGCCTATAACCGTTGGTCCGATATTAAACTGCCGGACTTCCTGAGCTTCTTCGGCGGC‑AAACGCTTTGTGCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCa < 1:1586529/288‑1 (MQ=255) ||| TGATTACAGAACATCGGCAGTACAATTTGCAGCAAAATAAAAATACGGCTTGAAACGAGCCAAATAGGGTTCTCGTAGGGGGAATAAGATGAATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGAGCAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAAATTAACATGGGTGTACTGGCGGGTATCATTACCGGTCTGGTTGGTGGCGCAGCCTATAACCGTTGGTCCGATATTAAACTGCCGGACTTCCTGAGCTTCTTCGGCGGC‑AAACGCTTTGTGCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGC > CP042583/576288‑576848 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |