Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 451,785 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 451,785 | 0 | A | T | 99.2% | 616.7 / NA | 265 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (128/135); minor base G (0/2); total (128/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 451,786 | 0 | G | C | 99.6% | 612.0 / NA | 265 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (127/137); total (128/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 451,787 | 0 | C | G | 99.2% | 621.2 / NA | 265 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (125/137); total (128/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.30e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
ACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTAGCATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTAAGCCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTATTAGCCTGTAATCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAACCGGTGCCGCATCCGGCAATTGGTGCACAATGCCTGATGCGATGCTTGACGCATCTTATCAGGCCTACAATGGGTACCGGATCGGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAGAATAGAGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCAC > CP042583/451512‑452062 ||| acggatgacggaGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAagag > 1:737369/1‑288 (MQ=255) atgacggaGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGAc > 1:954614/1‑286 (MQ=255) tgacggaGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTg < 1:1743728/289‑1 (MQ=255) aGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTggcgggcg < 1:859976/287‑1 (MQ=255) ggAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCCGGAATGGAAGAAACGCTGGCGGGCGAAGc > 2:974995/1‑289 (MQ=255) aGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCgg > 2:328471/1‑289 (MQ=255) tGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCggg < 2:1686670/288‑1 (MQ=255) 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attgatAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTAttt > 1:503340/1‑288 (MQ=255) attgatAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGATGGCGGGCGAAGCGGGGACGTGGAttt > 1:1950416/1‑288 (MQ=255) ttgatAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTAttt < 1:1648337/288‑2 (MQ=255) tgatAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTAtttcg < 2:1643873/289‑4 (MQ=255) tcaaGTTCTCGCGGCGGCGTTGCTCGCAGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCCCCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCAGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTAtttcgctg < 2:480568/287‑7 (MQ=255) taatgggctcGCCGCTGGGTTGGTGGCCGGGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAGGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGGGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTAtttcgctg < 2:739388/282‑7 (MQ=255) tAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAAGGTAACGGCGGTGGGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTTGGGCGTTATGGCGAATTGAAGAGACGCGGGCGGGCGGAGCGGCGACCTGTAtttcgctg > 2:948371/1‑283 (MQ=255) aGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTAtttcgct > 1:1007197/1‑280 (MQ=255) aGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCGGTATTTCGCTGTaa > 1:1619683/1‑289 (MQ=255) ctggcggcTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGTTGGACTGGGGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGt < 2:1985009/283‑1 (MQ=255) ctcGCGGTTGCGTTGCTGGCCGTGCAGATTACTGCAGATGGACTGGTGATCCGCAACGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGGACGCCGCAGAAACGTGCCAGTCGCCATGCTAAACCGGATGAGTTAGCGCCATTGGCCAAGACCGATGGTTCGATGTGGCCGAATGTAGCGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGt < 2:437699/289‑1 (MQ=255) ctcGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGt < 1:1163176/289‑1 (MQ=255) tcGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTa < 1:1438108/289‑1 (MQ=255) cgccgcTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGGGAAGCGGGGGACTGTATTTCGCTGTATGCGTAg > 2:1055744/1‑289 (MQ=255) tGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGTGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTa < 1:137277/247‑1 (MQ=255) ggTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCCGGCGACGCGGGGACCTGTTTTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACAGTTGTGCCTGATGCGATGCTTGACGCCTCTTa > 2:31815/1‑289 (MQ=255) gctCCTCACCGTTGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCa < 1:1070174/287‑1 (MQ=255) gATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATc < 1:328471/288‑1 (MQ=255) gATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATc < 1:876891/288‑1 (MQ=255) ccTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTAttt < 2:1154090/227‑2 (MQ=255) cTCACCGATGCCGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAgg > 1:964080/1‑287 (MQ=255) 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tGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAACCGGTGCCGCATCCGGCAATTGGTGCACAATGCCTGATGCGATGCTTGACGCATCTTATCAGGCCTACAATGGGTACCGGATCGGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCAt > 1:262311/1‑242 (MQ=255) ||| ACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTAGCATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTAAGCCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTATTAGCCTGTAATCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAACCGGTGCCGCATCCGGCAATTGGTGCACAATGCCTGATGCGATGCTTGACGCATCTTATCAGGCCTACAATGGGTACCGGATCGGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAGAATAGAGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCAC > CP042583/451512‑452062 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |