| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 452,261 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 452,261 | 0 | G | C | 99.6% | 587.6 / NA | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 452,262 | 0 | C | G | 99.2% | 572.3 / NA | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (121/127); total (123/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 452,263 | 0 | T | A | 98.8% | 580.3 / NA | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (122/124); minor base C (1/2); total (123/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
CGGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAGAATAGAGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGGCTTGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATCATCACGCTCGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACATAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCGCTCAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGGCCTGCGGAAAAGCGACGCTGGTGCGCAAAATAC > CP042583/451981‑452541 ||| gTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAGAATAGAGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCTCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATCATCCCCGACGGattat > 2:242356/1‑289 (MQ=255) gTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAGAATAGAGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATG‑CCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCCCTACCAATCAGATTGATCATCACCGACGGattatt > 2:1770763/1‑289 (MQ=255) cGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAGAATAGAGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATCATCACCGACGGATTATTcacca < 1:1778027/289‑1 (MQ=255) cGGAGAGGGCGGTGACGCCGCATCGGGGAAGAGTAGAGCACCAGTTAACCGAACGTACTCTGCGCCCAGATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATCATCACCGACGGATTATTcacc < 2:414681/288‑1 (MQ=255) 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aGAATAGAGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATCATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATAGGTAATc < 1:1343173/289‑1 (MQ=255) ccATTTAACCGAACTTACCCGGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATCATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATg < 2:1336676/289‑1 (MQ=255) cAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATCATCACCGACGGCTTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGAttc > 2:1093687/1‑287 (MQ=255) 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gTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGTTGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTTTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATCAGCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGTTAACGCCAGATCGGTAATAGCCCGCACATGcc > 2:276816/1‑287 (MQ=255) cGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATCATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCaaa < 2:1488096/289‑1 (MQ=255) aaCTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGATCATCACCGACGGATTATTCCCCACTGGTTGCGGTAACGGACGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCCCAAAcc > 2:1389837/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |