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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (125/94); minor base T (1/1); total (126/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 607,148 | 0 | C | G | 100.0% | 520.6 / NA | 221 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
GCCACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGT‑CGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCGGGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCAGTCTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGAGCGGTATCAGCCACTGCGGCGCACTGGATATGCCCGCGTTACGCATTGCTAACCTACTGGTGGGTAATGACGCCAATGCCCCCGCGCTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGT > CP042583/606870‑607427 ||| cACGGCGCGCTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGT‑CGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCGGGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTTCGCTTTGTACCGCAGACGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCCTGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTTGGGTACCAGccc > 2:1877887/1‑287 (MQ=255) cgtgcggAACCGGGCTGACGTGTTCCGGAAGGTT‑TGTGCGGGGTCGGCGGGACGAAGACTGGTGTTTAGCCGCTGGCAACGTCGGGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATTCCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGGCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGGGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTgcg < 2:1758865/282‑1 (MQ=255) cgcgcTGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCAGGTTCTGT‑CGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCGGGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTgcg < 1:1002811/288‑1 (MQ=255) tGAACCGCGCTTACTCGTTCCGGCGGGTTCTGT‑CGGGATCGGCGGGCCGCAGACTGGTGTTTATCCGCTGGCAACGCCGGGTGGCTGGCAGTTGATTGGTCATACCTCACTCAGCCTGTTTGATCCGGCGCGTGACGAACCCATCTTATTACGTCCGGGAGACAGCGTGCGCTTTGTACCGCAGAAGGAGGGAGTATGCTGAAGATTATTCGTGCGGGCATGTATACCACTGTGCAGGATGGCGGTCGTCACGGTTTTCGCCAGTCGGGTATCAGCCACTGCGGCGCa < 1:594444/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |