Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 612,814 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 612,814 | 0 | A | T | 98.4% | 574.0 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (129/115); minor base G (3/1); total (134/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.25e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 612,815 | 0 | C | G | 98.8% | 577.5 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (134/112); minor base T (0/3); total (134/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.71e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 612,816 | 0 | T | A | 99.2% | 577.6 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base A (132/116); total (134/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
ATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTC‑TTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGACTTTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATGTTCACCGCCACGGTGGAAGGCTGGTAACTGGAAATCAACGGCACCACCGCAATGCCAAAATGGTTGGTGTAGTCGAGATTGCCCTGAACCGGAATATCTGCCACGCCATCGGTGCTGACCATCAGGCGTGGTTCATTGGTGGAGCTGCGGCGATGAAATGCTGCACCATATTGGGTTGCGGTGAAAGAACCG > CP042583/612535‑613090 ||| aTTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTC‑TTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTa > 2:93633/1‑288 (MQ=255) ttCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTC‑TTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATc > 1:60594/1‑289 (MQ=255) ttCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTC‑TTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGACGGAACTGCCCGCCGGCGTCGCGTATGATGCCGTTAACGTCTTCACCGGCACGCGACCCCAGTGATTTGTACCCCATccccccc > 2:1655696/1‑282 (MQ=255) tCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTC‑TTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTc > 2:1683724/1‑289 (MQ=255) taattaatGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTC‑TTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAAt > 2:1414702/1‑288 (MQ=255) aattaatGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTC‑TTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATcc < 2:577722/289‑1 (MQ=255) aattaatGACAAGGTAAAACCAGGCGTTTGGTCGTGTC‑TTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACC‑CGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCACGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCa > 1:1041727/1‑289 (MQ=255) ttaatGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTC‑TTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATCCCGCTGTCATCCTGGCTGATATCCGCACCGAGGGGAGGTCACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGCTGACGTTAACGTCTTAACCGGAAGGTGAAGCCCGTGTTTTGTAACATCTCTCGCTTTCacgccct > 2:291870/1‑283 (MQ=255) tGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTC‑TTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGtt > 1:520670/1‑288 (MQ=255) ggTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTC‑TTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATGGCGCCTTAAATCCATGTTTCTTtga > 2:469234/1‑289 (MQ=255) 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tccggCGTTTGGTTCGGTCTTTCCAG‑CGTTCTGGCAGGAGAATAATGCAGCTTTGCTCAACCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGtt < 2:665771/286‑1 (MQ=255) gCGTTTGGTCGTGTC‑TTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTGCAATCCATGTTTCCTTGATGACGGTTTCt > 2:1950863/1‑289 (MQ=255) ttGGTCGTGTC‑TTCCAGACGTTCTGGCCGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCa < 2:60594/288‑1 (MQ=255) tC‑TTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACg > 2:127145/1‑288 (MQ=255) ttCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCg < 2:1205940/289‑1 (MQ=255) cGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCggg < 1:1618251/287‑1 (MQ=255) 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tGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtca < 2:432312/289‑1 (MQ=255) aTGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattc < 1:1032133/286‑1 (MQ=255) aTGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATg > 1:367485/1‑289 (MQ=255) aTGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGGGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGtcattc > 2:1032133/1‑286 (MQ=255) aTGAATAATGCAGCTTTGCTCACACCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGTAACTGAACGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTGCCTTGCTGACGTTTTCGTCACCTGTTACGCCTCCGGGTAAGgcact > 2:1469142/1‑283 (MQ=255) aataatGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCaa < 1:1509358/257‑1 (MQ=255) aataatGCAGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCaa > 2:1509358/1‑257 (MQ=255) aGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATGTTCACCGCCa < 1:1438957/288‑1 (MQ=255) aGCTTTGCTCACCCCAGACCACGGTAAACAGTTGATTTTCAGCGACACCGCTTAACCAGGCATGTCCTTCCTCGCCAACCATACCCACGCTAATGCCGCTGTCATCCTGGCGGATATCCGCACCGAGGGGAGGGAACTGACCGCTGGCGTTGCGTATGATGACGTTAACGTCTTTACCGGAACGGGAAGCCAGTGATTTGTAACCTATCGCGCCTTCAATCCATGTTTCCTTGATGACGTTTTCTGCAACTGTTACGCCGTCGGGTAAGTCATTCATGTTCACCGCCa < 1:831783/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |