| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 630,204 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 630,204 | 0 | A | T | 98.9% | 415.8 / NA | 181 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (82/96); minor base C (2/0); total (85/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 630,205 | 0 | G | C | 98.3% | 404.9 / ‑4.6 | 181 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); major base C (80/96); minor base T (3/0); total (85/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.78e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 630,206 | 0 | C | G | 97.8% | 399.5 / NA | 181 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/1); new base G (80/95); total (85/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
TCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGCGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGATTGATAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACAGCCTTACCGCCTGGCTGAACGGTCTGAGTGGAAGTAACGCGCTGTTGCTGGGTGCCATTCTCGGTTTTATGTGTTCCTTTGACCTTGGAGGGCCAGTGAATAAAGCCGCTTATGCATTCTGCCTGGGCGCAATGGCGAACGGCGTTTACGGCCCGTATGCCATTTTCGCCTCCGTCAAAATGGTTAGCGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCT‑GTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGG > CP042583/629926‑630482 ||| tCGCGGCCTATACCGCCTATTCTCGGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGCGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGATTGATAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACTCGCTTACCg < 2:906358/288‑1 (MQ=255) cgcgGCCTATACCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGCGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGATTGATAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACTCGCTTACCg > 1:121036/1‑287 (MQ=255) ataCCGCCTGTTTTCGGGGGGATAAAGCGGCGTTAGCGCCGGGCTTTGCGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGATTGATAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACTCGCTTACCGCCTGGCTGaa < 2:1048894/289‑1 (MQ=255) ataCCGCCTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCGGGCTTTGCGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGATTGATAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACTCGCTTACCGCCTGGCTGaa < 1:1729016/289‑1 (MQ=255) 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ccTATTCTCTGGCAGATAAACCGCCGGTAGCGCCAGGCTTTGCGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCACGGCGCGGTACTTGGCGGATTGATAGACGGTTACTTGCTGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTCGCTGTAAATTCAATGGATTCCTCACTTTTTATCTCTACCCTGTTCTTGGTATGTTGGGAACGCGCCAGCTGATTCTGTTAGCGGTGGGGAGACCTATCGCGTGGAGAAACGTCTGGCGTACCGCCTTGCTGAACGctct > 2:1468238/1‑289 (MQ=255) cTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGCGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGATTGATAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGTCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTACCCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGATGCTGTTTGTGGTGGGGGAACCTGTCGCCTGGATCAATAACTCGCTTACCGCCTGGCTGAACgg > 1:360082/1‑285 (MQ=255) cTATTCTCTGGCAGATAAACCGGCGTTAGCGCCAGGCTTTGCGGCTGGACTTGCCGCCAACATGATCGGCTCCGGGTTTCTCGGCGCGGTCGTTGGCGGATTGATAGCCGGTTACTTGATGCGCTGGGTGAAAAATCACTTGCGGCTTAGCAGTAAATTCAATGGATTCCTGACTTTTTATCTCTAACCGGTGCTCGGTACGTTGGGAGCGGGCAGTCTGACGCTGTTGGTGGTTGGGGCACCTGTCGCCTGGATACATAACTCGCTTACCGCCTTGTTGCACGATccg > 2:439344/1‑287 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |