| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 630,630 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 630,630 | 0 | A | T | 98.6% | 475.4 / NA | 211 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (96/109); minor base G (2/1); total (101/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 630,631 | 0 | G | C | 99.1% | 482.2 / NA | 211 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (98/110); minor base T (2/0); total (101/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 630,632 | 0 | C | G | 99.1% | 483.8 / NA | 211 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (100/109); minor base T (1/1); total (101/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
GGCCCGTATGCCATTTTCGCCTCCGTCAAAATGGTTAGCGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTAGCTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTAGCACACCCGGTGCCGGCATTTTCAGCCTCTTTTTACTTCATGATAATGGCGCGGGCGGTGTTATGGCGGCAATTGGCTGGTTTGGCGCGGCATTGGTGGGGGCTGCAATCAGCACTGCAATTCTCCTGATGTGGCGGCGTCACGCGGTTAAGCATGGCAACTATCTGACTGATGGCGTAATGCCATAAACAAAAAGGAAACGACGATGAAAGCAGTATCTCGCGTTCACATCACCCCGCATATGCACTGGGATCGAGAGTGGTATTTCACCACCGAAGAGAGTCGTATTCTGCTGGTCAA > CP042583/630354‑630906 ||| ggCCCGTATGCCATTTTCGCCTCCGTCAAAATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTAc < 1:1922737/289‑1 (MQ=255) cGTATGCCATTTTCGCCTCCGTCAAAATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCa < 1:277987/289‑1 (MQ=255) gTATGCCATTTTCGCCTCCGTCAAAATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCGGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGGTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCCTGCCCTTTTTACtttct > 1:363916/1‑286 (MQ=255) tATGCCATTTTCGCCTCCGTCAAAATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGGTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATg > 1:1108723/1‑289 (MQ=255) cctcctgccaaaTGGTTTCGGCATTTCCCGTAACCGCTTCCCCGTTGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAAGCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGATAATGGCgcggg < 2:1158697/280‑1 (MQ=255) ccTCCGTCAAAATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGATAATGGCgcggg < 2:846974/289‑1 (MQ=255) ccccGTCAAAATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACTGTGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGGACGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGATAATGGCgcgggc < 2:1482683/287‑1 (MQ=255) cTCCGTCAAAATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGATAATGGCgcggg < 1:963933/288‑1 (MQ=255) cGTCAAAATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTAc > 2:1599236/1‑266 (MQ=255) cGTCAAAATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGATAATGGCGCGGGCGgt < 1:203503/289‑1 (MQ=255) 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aaCCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGATAATGGCGCGGGCGGTGTTATGGCGGCAATTGGCTGGTTTGgc > 1:1959964/1‑289 (MQ=255) aCCGCTTCCAGGTTGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGGGTTTGAAATTGAGACCGGGAACTCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGATAATGGCGCGGGCGGTGTTATGGCGGCAATTGGCTGGTTTGgcg < 2:423300/289‑1 (MQ=255) cTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCCTTTCGACACCCGGTGCCGGCATTTTCTCGCTCTTTTTACTTCATGATAATGGCGCGGGCGGTGTTATGGCGGCaa < 1:88041/270‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |