Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 632,723 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 632,723 | 0 | A | T | 99.6% | 624.7 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (139/125); total (139/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 632,724 | 0 | G | C | 99.2% | 616.9 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (138/125); minor base A (1/1); total (139/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 632,725 | 0 | C | G | 99.2% | 608.1 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (137/126); total (139/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
CAGCGAACGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGAGTGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTAGCCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTATGGAATATGCTCAACTATGTTGCCTTACAGGAAGGGCGTAACGGCATGGCTGTCTTTAGCGAAGGGTTACGTGAATTTGAAGTCATCGGTGAAGAGAAGAAAACCTTTGCCATTACGTTGCTGCGTGGCGTGGGCTTACTGGGCAAAGAAGATCTGCTTTTAAGGCCTGGGCGGCCTAGCGGAATTAAAATGCCAGTCCC > CP042583/632445‑633000 ||| cAGCGAACGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCTTCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAAcgc > 1:768019/1‑288 (MQ=255) cAGCGAACGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAAcgc > 2:1924107/1‑288 (MQ=255) aaCGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCg > 1:1029167/1‑289 (MQ=255) aaCGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCGTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCT‑CACACTTTTAACAACGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCg > 1:1615105/1‑289 (MQ=255) 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cATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGgc > 1:1241323/1‑289 (MQ=255) gAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACt > 1:1129982/1‑283 (MQ=255) gAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGgcagc > 1:1364997/1‑289 (MQ=255) 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agCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCACGAAGGCTGGa > 1:1769778/1‑289 (MQ=255) cAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGCCAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGaaa > 2:759311/1‑289 (MQ=255) cAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGaaa > 2:177635/1‑289 (MQ=255) 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tcGCTATGACATGGCAGTGCCGCTAAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGTGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATACCAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCGTCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGtt < 2:541025/288‑1 (MQ=255) ccgcgagtaCATGGGAGTGCCGCTCAATTGGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAAGCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTGGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGtt < 2:151913/281‑1 (MQ=255) cGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGtt > 1:1529200/1‑288 (MQ=255) cGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTc < 1:803893/289‑1 (MQ=255) tATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCCGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCg < 2:104078/288‑1 (MQ=255) tATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACCC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCCAACGCGCCCCGTGCACGACAGTGCAA‑TGAAAAACTGGCAACAAGAAGGCTGGGAAGAAACCCCGGGTCCgg > 2:918863/1‑289 (MQ=255) aTGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGt < 1:116714/289‑1 (MQ=255) aTGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGt < 2:87663/289‑1 (MQ=255) gACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTAt < 1:466256/289‑1 (MQ=255) cATGGCAGTGCTGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTATgg > 2:1569103/1‑289 (MQ=255) gCAGTGTCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAGCCAGGCTGACGATCATCGCTCTGGTGTCCTGGTCCCTAAAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGACCGAAGGGGCAC‑TGAACAATTGGCAGCAAGAAGGCGGGAATGAAGCGCCGGTTCCGGTGTGGAata > 2:1247058/1‑289 (MQ=255) gTGCCGCTCAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTATGGAATATg < 2:1302185/288‑1 (MQ=255) 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cAATTTGTCAGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGt > 2:1208134/1‑270 (MQ=255) aatttgtccgAACGAAGCGGCCGGCAATTCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCGCTCTTAGTCATAACAGCAGACGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTATGGAATATGCTCAACTATg < 2:1611850/280‑1 (MQ=255) tgtcagAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTATGGAATATGCTCAACTATGTTGc < 1:63805/284‑1 (MQ=255) 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tACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTATGGAATATGCTCAACTATGTTGCCTTACAGGAAGGGCGTAACGGCATGGCTGTCTTTAGCGAAGGGTTACGTGAATTTGAAGTCATCGGTGAAGAGAAGAAAACCTTTGCCATTACGTTGCTGCGTGGCGTGGGCTTACTGGGCAAAGAAGATCTGCTTTTAAGGCCTGGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGt > 2:776978/1‑288 (MQ=255) tACGCAGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTATGGAATATGCTCAACTATGTTGCCTTACAGGAAGGGCGTAACGGCATGGCTGTCTTTAGCGAAGGGTTACGTGAATTTGAAGTCATCGGTGAAGAGAAGAAAACCTTTGCCATTACGTTGCTGCGTGGCGTGGGCTTACTGGGCAAAGAAGATCTGCTTTTAAGGCCTGGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGt > 1:502303/1‑288 (MQ=255) aGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTATGGAATATGCTCAACTATGTTGCCTTACAGGAAGGGCGTAACGGCATGGCTGTCTTTAGCGAAGGGTTACGTGAATTTGAAGTCATCGGTGAAGAGAAGAAAACCTTTGCCATTACGTTGCTgcgtgg > 1:1474568/1‑214 (MQ=255) aGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTATGGAATATGCTCAACTATGTTGCCTTACAGGAAGGGCGTAACGGCATGGCTGTCTTTAGCGAAGGGTTACGTGAATTTGAAGTCATCGGTGAAGAGAAGAAAACCTTTGCCATTACGTTGCTgcgtgg < 2:1474568/214‑1 (MQ=255) aGTTTGGTTCGCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTATGGAATATGCTCAACTATGTTGCCTTACAGGAAGGGCGTAACGGCATGGCTGTCTTTAGCGAAGGGTTACGTGAATTTGAAGTCATCGGTGAAGAGAAGAAAACCTTTGCCATTACGTTGCTGCGTGGCGTGGGCTTACTGGGCa > 1:1434540/1‑231 (MQ=255) ||| CAGCGAACGCGAAACCGCAATGCGATATTATTCATGAAGCCTGGCAGAGCAGGGCTGTTATCCGCTATGACATGGCAGTGCCGCTCAATTTGAGTGAACGCAGCGCCCGGCAATCCACTGGCAGAGTAGGGGTGGTGTTGGTTGTCACTCTTAGTCATAACAGCAGGCGTATTGATGTGGATATCAATCTTGATAACCAGGCTGACGATCATCGCCTTCGTGTCCTGGTCCCTACAC‑CTTTTAACACCGACAGTGTTCTGGCAGATACGCAGTTTGGTAGCCTAACGCGCCCCGTGAACGACAGTGCAA‑TGAACAACTGGCAGCAAGAAGGCTGGAAAGAAGCGCCGGTTCCGGTATGGAATATGCTCAACTATGTTGCCTTACAGGAAGGGCGTAACGGCATGGCTGTCTTTAGCGAAGGGTTACGTGAATTTGAAGTCATCGGTGAAGAGAAGAAAACCTTTGCCATTACGTTGCTGCGTGGCGTGGGCTTACTGGGCAAAGAAGATCTGCTTTTAAGGCCTGGGCGGCCTAGCGGAATTAAAATGCCAGTCCC > CP042583/632445‑633000 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |