| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 635,711 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 635,711 | 0 | A | T | 98.7% | 345.5 / NA | 153 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (63/88); minor base C (2/0); total (65/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 635,712 | 0 | G | C | 99.4% | 353.8 / NA | 153 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (64/88); minor base T (1/0); total (65/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 635,713 | 0 | T | A | 97.4% | 345.5 / NA | 153 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (61/88); minor base C (4/0); total (65/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.08e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
CGTGTAGCGCCGCTGTACTTTGCGTTCCGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTGTCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCTTCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACAGC‑AGTCTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCAGTATGGTGCTGATTTGCGGCCTGTATACCCTGTTCCTGGTGGCAGAATTGTTCTTAATGTTCAAGTTTGCACGCCTCGGCCCAAGCAGCCTGAAAACCGGTCGCTATCACTTTGAGCAGTCTTCCACGACTACTCAGCCGGCACGCTAAGACAGGAGTCGTCAAATGATCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTC > CP042583/635435‑635989 ||| gtgtAGCGCCGCTGTACTTTGCGTTCCGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTGTCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCTTCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCG‑TCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGAt > 2:953958/1‑289 (MQ=255) tccgcgttccTTTGCGTTCCGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTGTCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCTTCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCG‑TCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCgg < 2:2000203/279‑1 (MQ=255) gccgcTGTCCCTTGCGTTCCGTATCATGGTGGCGGTTGGCTTCCTGCTTCTGGGAATCATCGCGCTCCCTTTCTGGAGGGTCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCTTCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCG‑TCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCgg < 2:89067/288‑1 (MQ=255) gccgcTGTACTTTGCGTTCCGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTGTCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCTTCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCG‑TCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCgg < 1:797083/288‑1 (MQ=255) gccgcTGTACTTTGCGTTCCGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTGTCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCTTCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCG‑TCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCGGc < 1:232727/289‑1 (MQ=255) gccgcTGTACTTTGCGTGCCGTATCATGGTGGCGTGTGGCTTCCTGCTTCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTGTCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCTTCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCG‑TCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCgg < 2:465590/288‑1 (MQ=255) cggcTGTCCTTTTCGTTCCGTTTCATGGTGGCGGGTGGCTTCCTGCTGCTGGCAATCATCGCGCTCTCTTTCTGGAGTGTCATCCGCAACCGCATTGGCGAGAAAAAATGGCTTCTGCGCGCCGCGCTGTACGGTATTCCGCTGCCGTGGATTGCTGTAGAAGCGGGCTGGTTCGTGGCTGAATATGGCCGCCAACCGTGGGCTATCGGTGAAGTGCTGCCGACAGCTGTGGCGAACTCG‑TCACTGACCGCAGGCGATCTCATCTTCTCAATGGTGCTGATTTGCGGcc < 2:10787/287‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |