| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 636,572 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 636,572 | 0 | A | T | 99.6% | 632.9 / NA | 270 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (138/130); minor base C (1/0); total (140/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 636,573 | 0 | G | C | 99.6% | 627.5 / NA | 270 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (139/130); total (140/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 636,574 | 0 | C | G | 99.3% | 623.8 / NA | 270 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (139/129); total (140/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
CTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAA‑AGCACAATGGACCATTACGCAGCCTCTAACCCACTGAATAAAGAAGTGGTTCGTGAAGCTGGCGCATGGCTGGTTAACTTCAACAACACGCCAATTCTGTGGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGAACGCAAGTCTGACA > CP042583/636296‑636853 ||| tACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAA‑TCGACAATGGACCATTACGCAGcc > 1:1359057/1‑287 (MQ=255) tACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCGGTTTCGCACTGGCTGGCGTAGGGGGGAGGTACGTTATCGTTGGTTCTGTCGTGAAATCGCAC‑ACGGACCATTAAGCGGccg > 2:1732373/1‑287 (MQ=255) aCCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAA‑TCGACAATGGACCATTACGCAGCctct > 2:194328/1‑289 (MQ=255) tCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTTAAA‑TCGACAATGGACCATTACTCAGCCTCTAAcc > 1:966594/1‑288 (MQ=255) 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cAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAA‑TCGACAATGGACCATTACGCAGCCTCTAAccc > 1:1142305/1‑288 (MQ=255) cAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAA‑TCGACAATGGACCATTACGCAGCCTCTAACCCa < 1:213065/289‑1 (MQ=255) aagcgtgtatgaATATATGCGTCGGTAATACACCGGTAACTTCTTCCTGTTGCTTAACCCGGTCGGACTGCTGGCAGGAGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAACTGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACAATGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAA‑TCGACAATGGACCATTACGCAGCCTCTAACCCa < 2:1139398/281‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |