Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 638,839 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 638,839 | 0 | A | T | 99.2% | 632.2 / ‑3.7 | 271 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (110/156); minor base C (1/1); total (112/159) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 638,840 | 0 | G | C | 99.6% | 638.7 / NA | 271 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (112/158); minor base A (0/1); total (112/159) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 638,841 | 0 | T | A | 99.3% | 637.6 / NA | 271 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (110/159); minor base C (2/0); total (112/159) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
TACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAAAGTCAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCGTTTACCACCAGAGCAGGTGGTGGCGGAAGTGTCCAGCCGTTTCAAGGCCAACCCGAAAACGGTCTTTCTGATCGGTGGCGCAAAAGATGTGCCTTACGATGAAATAATTAAAGCACTGAACTTGTTACATAGTGCGGGTGTGAAAAGCGTTGGTTTAATGACGCAGCCTATCTAAACATCTGCG > CP042583/638560‑639120 ||| cAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTg > 1:1178346/1‑289 (MQ=255) cAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTg > 2:454150/1‑289 (MQ=255) ccTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGt > 1:70312/1‑289 (MQ=255) ccTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGt > 1:223258/1‑289 (MQ=255) cgcgTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGTCCTGCATCACCCAGAGCGAGGAGGTCGATCTGCCAGCCGCTACTGACACACATGCGGCTAGCAGTAACGATaaa > 2:1297946/1‑287 (MQ=255) cgcgTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAAt > 2:1387997/1‑288 (MQ=255) cgcgTAAACAAACTGGAACTGAATTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAAt > 2:265175/1‑288 (MQ=255) 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aaTTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGaa < 1:207491/285‑1 (MQ=255) aaTTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAgtg > 1:1914609/1‑288 (MQ=255) aTTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTc < 2:1659522/289‑1 (MQ=255) aTTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTc < 1:1831803/289‑1 (MQ=255) aTTACGACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTc < 1:909184/289‑1 (MQ=255) gACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTa < 1:1697113/289‑1 (MQ=255) gACAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTa < 2:576262/289‑1 (MQ=255) cAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTAtt < 1:1536887/289‑1 (MQ=255) cAACTTTATGGAAGAGTTTACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTAtt < 2:223258/289‑1 (MQ=255) 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tACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGaa < 2:1182908/259‑1 (MQ=255) tACCGCGATTCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCgtggtg > 2:1113694/1‑289 (MQ=255) ttCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTATTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGGGAGCAGTAACGATAATCAGCCAGTTATTGTTGAAGTGTCTGGCTTTGGGCAGTACACCGTGGTTGTTGAGaa > 2:1210302/1‑289 (MQ=255) ttCTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGaa > 2:1540238/1‑289 (MQ=255) cTGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAg < 1:1113694/289‑1 (MQ=255) tGCACCGCCAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGa > 1:1284303/1‑289 (MQ=255) 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ccAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTg > 1:1015344/1‑289 (MQ=255) cAGGCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTg < 1:415318/288‑1 (MQ=255) ggCGTTTACCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGAGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGa > 1:1780375/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |