| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 640,970 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 640,971 | 0 | G | C | 99.6% | 616.2 / NA | 261 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (131/129); total (132/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 640,972 | 0 | C | G | 100.0% | 616.5 / NA | 261 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (132/129); total (132/129) | |||||||||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
GTTCCTTTCCAGTGGGCGGGGCCTGGTGCGGCACCTGAAGATATTGGCGGCATCGTTGCTGCTGACTTGCGTAACAGCGGTAAATTTAATCCGTTAGATCGCGCTCGTCTGCCACAGCAGCCGGGTAGTGCGCAGGAAGTACAACCAGCTGCATGGTCCGCACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACAGCTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTAGTCCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGAGTCCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTG > CP042583/640691‑641251 ||| ttCCAGTGGGCGGGGCCTGGTGCGGCACCTGAAGATATTGGCGGCATCGTTGCTGCTGACTTGCGTAACAGCGGTAAATTTAATCCGTTAGATCGCGCTCGTCTGCCACAGCAGCCGGGTAGTGCGCAGGAAGTACAACCAGCTGCATGGTCCGCACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTTACACTGGCGGCTCACCGGGTACTGTACTTGCTCCAAACTCGTCCAAAGTGAACa > 2:1990935/1‑289 (MQ=255) ccAGTGGGCGGGGCCTGGTGCGGCACCTGAAGATATTGGCGGCATCGTTGCTGCTGACTTGCGTAACAGCGGTAAATTTAATCCGTTAGATCGCGCTCGTCTGCCACAGCAGCCGGGTAGTGCGCAGGAAGTACAACCAGCTGCATGGTCCGCACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAg < 1:437175/289‑1 (MQ=255) ccAGTGGGCGGGGCCTGGTGCGGCACCTGAAGATATTGGCGGCATCGTTGCTGCTGACTTGCGTAACAGCGGTAAATTTAATCCGTTAGATCGCGCTCGTCTGCCACAGCAGCCGGGTAGTGCGCAGGAAGTACAACCAGCTGCATGGTCCGCACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAg < 1:1342557/289‑1 (MQ=255) tcGGGGCCTGGGGCGGCACCTGAAGATATTGGCGGCATCGTTGCTGCTGCCTTGCGTAACAGCGGTAAATTTAATCCGTTAGATCGCGCTCGTCTGCCACAGCAGCCGGGTAGTGCGCAGGAAGTACAACCAGCTGCATGGTCCGCACTGGGCATTGACGCTGTAGTTGTCGGTCAGGTCACTCCGAATCCGGATGGTTCTTACAATGTTGCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTgg < 2:310337/287‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |