Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 663,932 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 663,932 | 0 | A | T | 99.6% | 666.6 / NA | 281 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (157/123); total (157/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.41e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 663,933 | 0 | G | C | 99.3% | 644.9 / NA | 281 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (156/122); total (157/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 663,934 | 0 | C | G | 99.6% | 659.7 / NA | 281 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (156/124); total (157/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
GGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTAGCCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCAAACGCCAAATGGTGTTGTCGAGTACGAGGGTAGCGCCAGAATTGACGGCGTACCGGGTACTGCCGCACCGGTTGCGCTCACTTTCCTGAATGCCGCTGGAACCAAAACCGGAAAAGTTTTCCCGACTGATAATCAGATTGATTATTTTGACGATGTCCCGGTGACCTGTATCGATATGGCGATGCCAGTCGTCATTATTCCGGCTGAATATCTGGGA > CP042583/663655‑664213 ||| aaCATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGCCTTCGCCAGTCACTc > 2:1621330/1‑288 (MQ=255) cATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTcgcg < 1:1224219/289‑1 (MQ=255) ttACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGcgtac < 1:1601964/289‑1 (MQ=255) aaGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATcc > 1:1414779/1‑288 (MQ=255) aaaTCAAACGAAGCGCTATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGc < 2:1726683/287‑1 (MQ=255) aGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGc < 1:1133126/289‑1 (MQ=255) gCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAAt < 2:1236891/289‑1 (MQ=255) cgcgATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTTCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTAGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCGGGTAAGCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAATTGCGGCAATCTGCTCTCTGGTGTTGGGGCGCTCGCCATTGAACATGTTTTGATCGCAGCGATTTGGCGGGTTACTCGCGTACGTATCTGCTAGGTCacttagt > 2:944414/1‑283 (MQ=255) tatTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCa > 2:593770/1‑288 (MQ=255) tGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTCCTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTAGGCTCATCGa > 2:315777/1‑289 (MQ=255) aTGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGCTACCACGCCTAACTTCCGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAACATGGTTTGATTGCAGCGCCTTCCCCAGTTACTCGCCTACGTATCCGCACCGTCAATGCGGGTACGTGCATTGaa > 2:1509032/1‑288 (MQ=255) ggCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGaa > 1:101957/1‑286 (MQ=255) gCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTg > 1:724339/1‑289 (MQ=255) tGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCa > 1:1393366/1‑289 (MQ=255) ttCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTCAGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGTAAAc > 2:1003811/1‑288 (MQ=255) ttCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCAAACg < 2:623500/289‑1 (MQ=255) 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ggAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCAAACGCCAAATGGTGTTGTc < 2:1383984/289‑1 (MQ=255) gACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGCCCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCAAGCCATCCGCTTGCTGCTGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCCATGTGTCGATACCACGCCTAACTCCGGCACTATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTTGCCATGTAAAATGGTTTGATTGCAGTGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTACCCCTCACGTTAATAGGGGTACGTTCTTCGTAGCTGATGCGCTATCTCCCAATGGtggtgtgcaggagc > 2:1790341/1‑281 (MQ=255) gTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTTTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTAGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTACCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGCAGTGCAACCGCCAAATGGGTTTGTCGAGTTGGAggt > 2:1071651/1‑288 (MQ=255) 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ggTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCAAACGCCAAATGGTGTTGTCGAGTACGAGGGTAGCGCCAGaa > 2:962394/1‑289 (MQ=255) ggTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCAAACGCCAAATGGTGTTGTCGAGTACGAGGGTAGCGCCAGaa > 1:270970/1‑289 (MQ=255) ccatggACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGGTCCCGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCAAACGCCAAATGGTGTTGTCGAGTACGAGGGTAGCGCCAGAATTGACg < 2:342650/284‑1 (MQ=255) ccACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCAAACGCCAAATGGTGTTGTCGAGTACGAGGGTAGCGCCAGAATTGACg < 1:245935/289‑1 (MQ=255) aCTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCAAACGCCAAATGGTGTTGTCGAGTACGAGGGTAGCGCCAGAATTGACGGc < 2:818522/289‑1 (MQ=255) aCTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCAAACGCCAAATGGTGTTGTCGAGTACGAGGGTAGCGCCAGAATTGACGGc < 2:1484647/289‑1 (MQ=255) 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ttCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCAAACGCCAAATGGTGTTGTCGAGTACGAGGGTAGCGCCAGAATTGACGGCGTACCGGGTACTGCCGCACCGGTTGCGCTCACTTTCCTGAATGCCGCTGGAACCAAAACCGGAAAAGTTTTCCCGACTGATAATCAGATTGATTATTTTGACGATGTCCCGGTGACCTGTATCGATATGGCGATGCCAgtcg > 1:1031378/1‑289 (MQ=255) gAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCAAACGCCAAATGGTGTTGTCGAGTACGAGGGTAGCGCCAGAATTGACGGCGTACCGGGTACTGCCGCACCGGTTGCGCTCACTTTCCTGAATGCCGCTGGAACCAAAACCGGAAAAGTTTTCCCGACTGATAATCAGATTGATTATTTTGACGATGTCCCGGTGACCTGTATCGATATGGCGATGCCAGTCGTCATTATTc < 1:365426/289‑1 (MQ=255) gATTGCAGCGACTTCGCCGGTTACTCGCGTACGTATCGGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATGGAAGCTGATGTGCAAACGCCAAATTGTGTTGTCGAGTACGAGGGTAGCGCCAGAATTGACGGCGTACCGGGTACGGCCGCACCGGTTGCGCTCACTTTCCTGAATGCCGCTGGAACCAAAACCGGAAAAGTTTTCCCGACTGATAATCAGATTGATTATTTTGACGATGTCCCGGTGACCTGTATCGATATGGCGATGCCAGTCGTCATTATTCCGGCTGAatat < 1:84910/289‑1 (MQ=255) ||| GGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTAGCCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCAAACGCCAAATGGTGTTGTCGAGTACGAGGGTAGCGCCAGAATTGACGGCGTACCGGGTACTGCCGCACCGGTTGCGCTCACTTTCCTGAATGCCGCTGGAACCAAAACCGGAAAAGTTTTCCCGACTGATAATCAGATTGATTATTTTGACGATGTCCCGGTGACCTGTATCGATATGGCGATGCCAGTCGTCATTATTCCGGCTGAATATCTGGGA > CP042583/663655‑664213 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |